KURZY OBOROVÉ RADY BIOLOGIE A PATOLOGIE
BUŇKY A DALŠÍ INFORMACE
Pokroky v biologii buňky (přednáškový kurz):
Koordinátor a odborný garant kurzu: prof. RNDr. Ivan Raška, DrSc.,
Ústav buněčné biologie a patologie 1. LF UK v Praze, Albertov 4, 128 01 Praha 2,
Tel. 224 968 001, Fax: 224 917 418,
E-mail: [email protected]
Kurz se koná každý druhý rok - zpravidla začátkem kalendářního roku. Příští kurz se bude konat
na přelomu Února/Března 2015 (konkrétně 17. 2., 24. 2., 3.3 a 10.3.)
Kontaktní osoba: Mgr. Štěpánka Melčáková,
Ústav buněčné biologie a patologie 1. LF UK v Praze, Albertov 4, 128 01 Praha 2,
Tel. 224 968 000,
E-mail: [email protected]
Kurz je povinný.
Anotace:
Jedná se o cyklus přednášek v rozsahu 24 hodin (1x týdně 4 přednášky, po dobu 4 týdnů, od 9 do
16 hod). Cyklus tvoří přednášky uznávaných odborníků v oboru buněčné biologie a patologie
z Univerzity Karlovy, z ústavů Akademie věd ČR a dalších pracovišť.
Přednáškový cyklus poskytne postgraduálním studentům nejnovější poznatky vybraných témat v
oboru buněčné biologie a patologie. Přednášky se týkají jednak využití moderních technik v
současném biomedicínském výzkumu a především vlastního vědeckého bádání v oblastech
organizace buněčného jádra, genové exprese a její regulace, buněčného cyklu, cytoskeletárních
struktur buňky, kmenových buněk, buněčných a virových onkogenů, genetických onemocnění a
imunitního systému apod..
Doporučená literatura:
 Bruce Alberts a kol.: Základy buněčné biologie: úvod do molekulární biologie buňky,
2004, český překlad, Espero Publishing
 Bruce Alberts et al.: Molecular Biology of the Cell (Fourth Ed.), 2002, Garland Science
 Thomas D. Pollard and William C. Earnshaw: Cell Biology (Updated Ed.), 2004,
Elsevier
 Harvey Lodish et al.: Molecular Cell Biology (Fourth Ed.), W.H. Freeman and Co.
 Robert Weinberg: The Biology of Cancer, 2006, Cold Spring Harbor Laboratory Press
Pokroky v molekulární biologii a genetice
Koordinátor a odborný garant kurzu: prof. MUDr. Jiří Jonák, DrSc.,
Ústav molekulární genetiky AV CR, v.v.i., Vídeňská 1083, Praha 4-Krč
Tel.: 241063273, Fax: 224310955
E-mail: [email protected]
Kurz se koná každý rok v listopadu (přesný termín a místo konání kurzu u koordinátora).
Kurz je povinný.
Anotace:
14-denní přednáškový kurz určený především pro doktorandy (PhD studenty) v oboru
biomedicína a začínající vědecké pracovníky. Cílem kurzu je poskytnout informace o vědeckých
pokrocích v molekulární biologii a genetice včetně některých rozvíjejících se biotechnologií.
Přednášejícími (letos v počtu 28) jsou vždy významní vědečtí pracovníci z celé ČR, specialisté v
jednotlivých přednášených oborech. Účastnící kurzu obdrží 2 sborníky (event. CD) s
přednáškami.
Doporučená literatura:
 Kolektiv autorů: Molekulární biologie a genetika X (2002), XI (2004), XII (2006). (J.
Jonák jun. a J. Jonák, ed.) Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i., Praha (ISBN 80902588-3-2, 80-902588-4-0, 80-902588-5-9)
 a odkazy doprovázející jednotlivé kapitoly těchto sborníků
Více informací: http://pokroky.img.cas.cz/
Pokročilé metody optické a elektronové mikroskopie (praktický kurz)
Koordinátor a odborný garant kurzu: prof. RNDr. Ivan Raška, DrSc.
Ústav buněčné biologie a patologie 1. LF UK v Praze, Albertov 4, 128 01 Praha 2,
Tel. 224 968 001, Fax: 224 917 418,
E-mail: [email protected]
Termín konání kurzu: říjen 2015
Kontaktní osoba: Doc. RNDr. Dušan Cmarko, Ph.D.,
Ústav buněčné biologie a patologie 1. LF UK v Praze, Albertov 4, 128 01 Praha 2,
Tel. 224 968 018,
E-mail: [email protected]
Kurz je doporučený.
Anotace:
Týdenní intenzivní praktický kurz je určen pro postgraduální studenty a pracovníky v oblasti
světelné a elektronové mikroskopie a v oblastech překrývání elektronové mikroskopie
s mikroskopií světelnou. Účastníci kurzu získají praktické dovednosti v moderních metodách
světelné a elektronové mikroskopie, a to zejména ve 4D mikroskopii, superrozlišení,
v korelační světelné a elektronové mikroskopii (CLEM), kryo-elektronové mikroskopii, 3D
rekonstrukci individuálních makromolekul (single-particle analysis) a v elektronové tomografii.
Kurz je jediný svého druhu v České republice. Je veden v českém i anglickém jazyku. Kurz se
koná každý rok na podzim. Přesný termín u kontaktní osoby nebo na
http://lge.lf1.cuni.cz/vyuka.php.
Požadavky na školitele:
pět let od dosažení vědecké hodnosti,
vědecká, tj. publikační a přednášková aktivita v uplynulých pěti letech,
souhlas vedení pracoviště,
průběžně sledovat plnění studijních povinností studenta a pravidelně s ním konzultovat
výsledky jeho studia,
5. zajistit pravidelné semináře (i mimo předepsané semináře oborové rady) jako
plnohodnotnou informaci o oboru biologie a patologie buňky tak, aby mohl student v
závěru svého studia splnit deklarovaný profil absolventa doktorského studijního
programu Biologie a patologie buňky
1.
2.
3.
4.
Povinnosti studenta:
Povinností studenta doktorského studijního programu je osvojit si vědeckou práci v laboratoři
tak, aby byl po skončení studia schopen samostatné vědecké činnosti a publikace jejích výsledků
v mezinárodně uznávaných časopisech.
Student musí během svého studia
1. absolvovat nejméně dva výukové kurzy organizované v rámci doktorského studia
biomedicíny, tj. kromě výše uvedených kurzů je možné absolvovat jakýkoliv další kurz
organizovaný jinými oborovými radami se zaměřením blízkým k vlastnímu studentovu
programu,
2. složit mezinárodně uznávanou zkoušku z angličtiny s příslušným certifikátem,
3. složit státní doktorskou zkoušku,
4. předložit minimálně dvě původní práce přijaté k publikaci v časopisech s definovaným
impakt faktorem (V ideální situaci bude student na obou publikacích prvním autorem. V
případě, že tomu tak nebude, přijatelné bude, když bude školitelem potvrzen jeho
významný podíl na dané publikaci. Téma těchto prací by mělo v ideálním případě
odpovídat tématu disertace. Lze připustit odchylku od tématu disertace po předchozí
dohodě s vedením OR. Pro OR nejsou přijatelné nepublikované výsledky, byť velmi
dobré kvality!),
5. obhájit doktorskou disertační práci
Student se dle pokynů školitele musí aktivně zúčastňovat vědeckých konferencí, kongresů a
sjezdů vědeckých společností a pravidelně referovat o svých výsledcích na seminářích.
Požadavky a pravidla pro vykonání státní zkoušky a obhajoby disertace:
Požadavky a pravidla pro vykonání státní doktorské zkoušky a obhajoby disertace se řídí
Organizačním řádem doktorského studia biomedicíny.
V případě dotazů se mohou studenti obrátit přímo na oddělení vědy příslušné fakulty.
Předmět státní doktorské zkoušky:
Zkouška se skládá z jedné části z krátkého přehledu vlastních dosažených výsledků vědecké
práce během studia. V druhé části budou studentovi položeny 3 otázky z níže uvedených
tematických okruhů/otázek. Cílem zkoušky je prověřit vědecký způsob myšlení studenta, tj.
jeho schopnost postihnout podstatu problému včetně schopnosti navrhovat vlastní způsoby
řešení.
Tematické okruhy/otázky pro Oborovou radu BIOLOGIE A PATOLOGIE
BUŇKY
1.
2.
3.
4.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19.
20.
21.
22.
23.
24.
25.
26.
27.
28.
29.
30.
základní chemické složení buněk (anorganické a organické složky)
interakce cukrů s bílkovinami – glykokód
buněčný metabolismus - přehled základních metabolických drah
centrální dogma molekulární biologie
organizace genomů (velikost a struktura u různých organismů)
struktura DNA (princip párování, antiparalelita, prostorové uspořádání)
struktura a funkce chromozomů
karyotyp a chromozomové aberace (numerické a strukturní aberace)
replikace DNA (princip, obecný průběh)
poškození a oprava DNA (druhy poškození, reparační mechanismy)
transkripce DNA (princip, obecný průběh)
typy RNA (kódující RNA, nekódující RNA)
mRNA (struktura, funkce)
sestřih a další úprava pre-mRNA (intron, exon, snRNP, alternativní sestřih, formování 5´a
3´konce pre-mRNA)
intracelulární transport mRNA z místa vzniku k ribozomům
regulace genové exprese na úrovni transkripce (organizace chromatinu, transkripční
faktory)
epigenetika (definice, modifikace DNA a histonů, inaktivace chromozomu X, genový
imprinting)
post-transkripční regulace genové exprese - regulační RNA
biologické funkce proteinů (receptory, enzymy, membránové proteiny, interakce s DNA a
RNA apod.)
sbalování a kontrola kvality nově syntetizovaných proteinů a úloha chaperonů, degradace
proteinů, proteasom
priony, prionová onemocnění
signální sekvence proteinů (systém adresování bílkovin)
post-translační modifikace proteinů, prostetické skupiny
enzymy (principy katalýzy, typy enzymů podle katalyzované reakce, regulace aktivity
apod.)
translace (princip – genetický kód, způsoby, průběh, ribosom)
obecná charakteristika virů (struktura, DNA viry, RNA viry)
rozdíly mezi eukaryotickou a prokaryotickou buňkou (morfologie, metabolismus, buněčné
dělení apod.)
zvláštnosti rostlinných buněk a tkání
organely a vnitřní členění živočišných buněk
31. struktura buněčných membrán živočišných buněk
32. základní mechanismy membránového transportu (propustnost membrán, typy přenašečů
apod.)
33. iontové kanály (základní struktura, typy, funkce)
34. membránový potenciál (definice, klidový potenciál, změny membránového potenciálu)
35. buněčné jádro (struktura, funkce)
36. jaderná tělíska (Cajalova tělíska, PML tělíska, speckles)
37. chemické složení a struktura chromatinu - aktivní vs. neaktivní chromatin
38. jadérko (funkce, struktura)
39. jaderný obal (struktura, funkce)
40. laminy, proteiny asociované s laminy, laminopatie (progerie)
41. patologie buněčného jádra a jadérka (karyolýza, karyorexe, změny u nádorových buněk
apod.)
42. struktura a funkce chloroplastů, fotosyntéza
43. mitochondrie (struktura, funkce, koncept endosymbiózy)
44. mitochondriální onemocnění (příklady onemocnění, příčiny, příznaky)
45. endoplasmatické retikulum (struktura a funkce)
46. Golgiho komplex (struktura a funkce)
47. vesikulární transport (organizace a funkce, adresování vesikul)
48. exocytosa (průběh, funkce)
49. endosomální/lysosomální systém (organizace, funkce)
50. lysosomální onemocnění (příklady onemocnění, příčiny)
51. peroxisomy (struktura, funkce, patologie)
52. buněčné inkluze (glykogen, lipidy, krystaly, pigmenty apod.)
53. mikrotubuly (stavební proteiny, struktura, dynamika, asociované proteiny, funkce,
mikrotubulové motory)
54. mikrofilamenta (stavební proteiny, struktura, dynamika, asociované proteiny, funkce,
mikrofilamentové motory, svalová kontrakce)
55. intermediární filamenta (stavební proteiny, struktura, tkáňová specifita, funkce, využití
v diagnostice nádorů)
56. fáze buněčného cyklu (G1, S, G2, M fáze)
57. regulace buněčného cyklu (kontrolní body, regulační komplexy, poruchy)
58. mitóza (fáze mitózy, cytokineze, poruchy)
59. meióza (definice, meióza I, meióza II, crosing-over, poruchy)
60. nádorová transformace buňky (mechanismy vzniku rakovinné buňky, klíčové molekuly,
základní typy nádorů)
61. ireversibilní poškození buňky (apoptóza vs. nekróza, dynamika, příčiny)
62. atrofie, hypertrofie, hyperplázie buněk
63. kmenové buňky (typy, vlastnosti, využití)
64. reprogramování somatických buněk (iPS buňky, buněčná terapie apod.)
65. buněčná diferenciace, maturace, stárnutí
66. nervová tkáň (typy buněk, zvláštnosti)
67. svalová tkáň (typy buněk, zvláštnosti)
68. buňky pojivových tkání (typy buněk, zvláštnosti)
69.
70.
71.
72.
73.
74.
75.
76.
77.
78.
79.
80.
81.
82.
83.
84.
85.
86.
87.
88.
89.
90.
91.
92.
93.
94.
95.
96.
97.
98.
99.
100.
101.
102.
103.
104.
105.
106.
107.
epitelové buňky (morfologie, zvláštnosti)
krevní elementy (typy buněk, zvláštnosti)
extracelulární matrix (složení, význam, fibrosa)
mezibuněčné kontakty (typy, struktura, buněčná adhese)
mezibuněčná signalizace (typy, receptory, signalizační molekuly)
základy buněčné signalizace (fosforylační kaskády, cAMP, lipidová signalizace,
vápníková signalizace)
intracelulární receptory (typy, ligandy, funkce)
zánět (definice, příčiny, mechanismy, morfologické projevy)
základní modelové organismy (kvasinky, Arabidopsis, Caenorhabditis, Drosophila, myš)
buněčné/tkáňové kultury (typy, využití)
světelná mikroskopie (principy, základní metody, fluorescenční a konfokální
mikroskopie)
cytochemické metody (cytologická barvení, imunocytochemické metody, radioaktivní
značení, lektinové barvení)
protilátky (struktura, typy, třídy imunoglobulinů, příprava, využití)
hybridomová technologie (princip, výhody a nevýhody monoklonálních protilátek,
využití)
fluorescenční proteiny (princip fluorescence, varianty, využití)
metody fluorescenční mikroskopie (fluorochromy, FRAP, FRET, FLIM, in vivo studie)
super-rozlišovací metody světelné mikroskopie (SIM, STED, STORM/PALM, TIRF)
elektronová mikroskopie (princip, metody)
imunoelektronová mikroskopie (princip, využití)
základy cytogenetického vyšetřování buněk (princip, metody, využití)
průtoková cytometrie (princip, aplikace)
frakcionace buněk, (centrifugace, separace buněčných organel apod.)
detekce DNA a RNA in situ (hybridizace apod.)
klonování DNA (restrikční endonukleázy, vektory)
PCR (princip, „design“ primerů, kvalitativní vs kvantitativní PCR, aplikace metody)
sekvenování nukleových kyselin (princip, metody)
RNA interference (siRNA, shRNA; využití)
DNA „microarray“ technologie (princip metody, využití)
genová terapie (principy, využití)
elektroforetické metody proteinů a nukleových kyselin (agarózová elektroforéza, SDSPAGE, isoelektrická fokusace, 2D-PAGE apod.)
blotovací metody nukleových kyselin a proteinů (Southern, Northern a Western blotting)
chromatografie (princip, typy, využití)
hmotnostní spektrometrie (princip, použití, MALDI-TOF)
rentgenová krystalografie (princip metody, krystalizace proteinů)
imunoprecipitace, chromatinová imunoprecipitace
transfekce buněk (metody, využití)
transgenní organismy (metodika, využití)
determinace, diferenciace, metaplazie, modulace
amyloidóza
108.
109.
110.
111.
112.
113.
114.
115.
fysiologie a patologie kalcifikace
buněčná patologie edému
buněčný pohyb a migrace
regenerace a reparace, hojení rány
angiogenese a vaskulogenese
cukrovka jako příklad metabolické nemoci
interakce (lidských) buněk s patogeny (bakterie, viry, prvoci)
imunitní systém a integrita organismu
Literatura:
 Alberts B et al.: Essential Cell Biology (4th EDITION, 2013), Garland Science
 Alberts B a kol.: Základy buněčné biologie: úvod do molekulární biologie buňky, 2004,
český překlad, Espero Publishing
 Alberts B et al.: Molecular Biology of the Cell (5th EDITION, 2008), Garland Science
 Pollard TD and Earnshaw WC: Cell Biology, 2nd Edition, 2008, Saunders Elsevier
 Lodish H et al.: Molecular Cell Biology (6th EDITION, 2007), W.H. Freeman and Co.
 Elleder M a Sikora J: Biologie buňky, 2008
 Elleder M: Vybrané kapitoly z patologie buňky I, 1997, Karolinum, Praha.
 Elleder M: Vybrané kapitoly z patologie buňky II, 1999, Karolinum, Praha.
 Masopust J, Průša R a spol.: Patobiochemie buňky, 2003, Univerzita Karlova, 2.LF,
Praha.
 Sambrook J et al:Molecular cloning: A laboratory manual/Joseph Sambrook, David W.
Russel, (3 th EDITION) Cold Spring Harbor, N.Y: Cold Spring Harbor Laboratory,
c2001.
 Povýšil C a kol.: Obecná patologie 2011, Galén, Praha
Postup při podání žádosti o vykonání státní doktorské zkoušky a obhajoby
disertace:
Státní doktorská z kouška (SDZ):
Na základě všech splněných studijních povinností si může student podat žádost o složení státní
doktorské zkoušky. Vyplněná žádost se podává na oddělení vědy příslušné fakulty včetně
strukturovaného životopisu, potvrzení o absolvovaných kursech, potvrzení o složení mezinárodně
uznávané zkoušky z angličtiny, přehledu a kopií dosavadních publikovaných prací a dalších
dokumentů hodných zvláštního zřetele. Lhůta pro stanovení termínu SDZ je 3 měsíce od
doručení žádosti. Termín nelze stanovit 14 dní po doručení žádosti. O termínu SDZ bude student
informován prostřednictvím příslušného oddělení vědy.
Obhajoba disertační práce:
Pro vykonání obhajoby disertace je nutné prostřednictvím oddělení vědy příslušné fakulty
předložit předsedovi oborové rady 4 vyhotovení disertační práce (v češtině nebo v angličtině) v
listinné podobě a v elektronické podobě na 4 hmotných nosičích (CD-ROM/DVD) včetně tezí
(autoreferátu), které by měly obsahovat abstrakt v češtině a v angličtině. Dále zároveň s žádostí o
obhajobu disertační práce, kde bude uveden název práce v českém i v anglickém jazyce, student
předloží seznam publikační činnosti k tématu disertace taktéž v českém a anglickém jazyce. Pro
obhajobu disertační práce musí komise určit alespoň 2 oponenty, kteří vypracují oponentské
posudky na předloženou práci. Oponenti jsou povinni odevzdat předsedovi komise posudek
nejpozději do 2 měsíců po obdržení práce nebo nejpozději do 14 dnů oznámit, že posudek
vypracovat nemohou. Obhajoba disertační práce se zpravidla koná do 6 týdnů po doručení
oponentských posudků. Datum a místo obhajoby stanoví děkan a oznámí je nejméně 3 týdny
předem členům komise a oponentům. O termínu obhajoby bude student informován
prostřednictvím příslušného oddělení vědy.
Důležitá poznámka: Žádá-li student uznání zkoušky z angličtiny, nesmí být absolvování
zkoušky starší 10-ti let. Totéž platí pro uznání absolvovaných povinných kurzů.
Profil absolventa doktorského studijního programu Biologie a patologie
buňky:
Absolvent oboru je seznámen se základy biologie buňky a s biologickou podstatou základních
typů patologických procesů. Rozsáhlé znalosti jsou vyžadovány v oblasti problematiky disertační
práce. Je seznámen se základními typy metodických přístupů používaných ke studiu buněk.
Osvojil si samostatné vědecké myšlení, tj. schopnost shromáždit a kriticky zhodnotit současný
stav vědomostí a navrhnout řešení, včetně experimentálního modelování. Metodické přístupy
zvolené pro řešení tématu zvládá samostatně. Je schopen interpretace získaných
výsledků a diskusi k nim na vědeckých akcích. Své znalosti z oboru a nově získané poznatky je
schopen předávat v rámci pre- i postgraduálních výukových procesů.
Download

KURZY OBOROVÉ RADY BIOLOGIE A