VERİM DENETİMLERİ
VE
GENOMİK TANIMLAMA
Prof. Dr. İbrahim CEMAL
Adnan Menderes Üniversitesi, Ziraat
Fakültesi, Zootekni Bölümü, AYDIN
12 Haziran 2014, Uşak






Damızlık niteliğindeki yüksek verimli, hastalıklara dirençli ve uyum
kabiliyeti yüksek hayvanların elde edilmesi seleksiyon çalışmalarına
bağlıdır.
Seleksiyon çalışmalarının temel dayanağını ise verim denetimlerine
dayalı fenotipik tanımlamalar, soy kütüğü (pedigri) bilgileri, form
özellikleri ve yetiştirici deneyimleri oluşturmaktadır.
Bunun yanında, moleküler genetik alanında yaşanan çarpıcı
gelişmeler sonucunda son yıllarda genomik tanımlama ve buna
dayalı genomik seleksiyon uygulamaları da devreye girmiştir.
Genomik seleksiyona taban oluşturacak genomik tanımlamalar
anlamında da fenotipik tanımlamaya yönelik verim denetimlerine
olan gereksinim kaçınılmazdır.
Islah hedefine yönelik olarak gerçekleştirilecek verim denetimleri
belirli zaman aralıkları ile hassas ölçümlerle gerçekleştirilip
kaydedilmesi gerekmektedir.
Bunun yanında soy kütüğü kayıtlarının varlığı ve doğruluğu da
oldukça önemlidir.
Verim denetimleri gerçekleştirilerek performans verilerinin
kaydedilmesi ve soy kütüğü bilgilerinin varlığı ile;






Ele alınan kantitatif özelliklere yönelik genetik parametre
tahminleri yapılabilmekte,
Hayvanlara ait damızlık değerler tahmin edilebilmekte,
Performans ve pedigri bilgilerinin doğruluğuna bağlı olarak
damızlık değer tahminlerinin isabeti ve dolayısıyla seleksiyon
başarısı arttırabilmekte,
Akrabalık ilişkileri hesaplanarak hem ıslah hem de koruma
programlarında akrabalı yetiştirmeyi minimize edecek çiftleşme
programları planlanabilmekte,
İşletmede üretim ve pazarlama planlaması yapılabildiği gibi
işletme karlılığı tespit edilebilmekte ve
Besleme ve benzeri sürü yönetimi uygulamaları daha etkin bir
şekilde düzenlenebilmektedir.
KOYUN VE KEÇİLERDE VERİM
DENETİMLERİ VE TUTULAN KAYITLAR
DÖL VERİM DENETİMİ



En önemli verimdir
Küçükbaş hayvan yetiş­tiriciliğinde döl veri­minin yüksek olması
iki yönde yarar sağlar:
 yüksek döl verimli populasyon­larda daha etkin bir
seleksiyonun yapılması
 damızlık dışı kalanların satılması ile daha yüksek gelirin elde
edilmesidir
Yumurtlama Sonuçlarına Göre Döl Verim Ölçütleri
 Yumurtlama sayısı (Ovulation rate)
 Yumurtalık etkinliği
AŞIM VE KUZULAMA/OĞLAKLAMA
SONUÇLARINA GÖRE DÖL VERIM ÖLÇÜTLERİ
BÜYÜTME SONUÇLARINA GÖRE DÖL VERİM
ÖLÇÜTLERI
Et Verim ve Kalitesine Yönelik Denetimler
Doğum ağırlığı
 Çeşitli yaşlara ait canlı ağırlıklar

 Sütten
kesim canlı ağırlığı veya 3. ay
 6.
ay
 1 yaş

Ultrason ölçümleri
 Bel
gözü kası derinliği
 Yağ kalınlığı
1. Plastik küpe hayvanın sağ
kulağına
İl Kodu
İl Kodu
2. Tetavür (Döğme) numara
hayvanın sol kulağına
İşletme Kodu
Ülke Rumuzu
Hayvan No
EN GEÇ İLK 24 SAATTE
KOYUNLARDA NUMARALAMA
Hayvan No


Yapılacak numaralamalarda numaralar arka arkaya
gelecek şekilde (sıralı) yapılması konusunda yetiştirici
bilgilendirilmeli
Eğer koyunlar aynı yıl ikinci kez doğururlarsa yine bu
koyunlar kayıt formlarına “İkinci Doğum” ibaresi
konarak işlendiği kontrol edilmeli.


Zaman zaman kuzu/oğlaklar kontrol edilip kulak numaraları
düşenler tespit edilerek küpesi düşen hayvanlara yeni
numara yapılıp yapılmadığı ve bunların kayıtlara düzgün bir
şekilde işlendiği kontrol edilmeli
Çoklu kimliklendirme engellenmeli (tetavür veya kalıcı çip)

Kuzu/oğlakların ölümü, kaybolması, kesilmesi,
satılması vb durumlarda hemen doğum kayıtlarının
akıbet kısmına bu durum mutlaka tarih belirtilerek
yazılmalıdır.
 Önemli olan bu konuda yetiştiriciye sık sık
hatırlatma yapılmalı.
DAMIZLIK SEÇİMİNDE




1.
2.
3.
4.
Damızlıklar ayrılıncaya kadar hayvan satılmaması gerektiği
konusunda yetiştirici uyarılmalı
Damızlık olarak bırakılacak kuzular çalıştığınız alt projede
öngörülen özellikleri taşımalıdır
Her teknik eleman projesinin hedefini ve uygulama
ayrıntılarını iyi bilmeli
Damızlık seçim dönemi projeye özgün olmalı
Damızlık değer
Form özelliği
Pedigri kaydının varlığı
Yetiştirici görüşü
DİKKATE ALINMALI



Projede belirtildiği gibi sürüdeki doğan hayvanların doğum
ağırlıkları ile belirli aralıklarla canlı ağırlık tartımları (3. ve 6.
ay) yapılmalıdır.
Yapılan canlı ağırlık denetimleri sırasında tartılacak oğlak
veya kuzular 12 saat süre ile aç bırakılmış olmalıdır.
Yetiştiriciye 1 gün önce mutlaka haber verilmeli
ÇİFTLEŞME DÖNEMİ


YETİŞTİRİCİLERİN ELDE AŞIM UYGULAMASI
YAPMALARI İÇİN GEREKLİ BİLGİ VE ALTYAPI
DESTEĞİ SAĞLANMALIDIR
MUTLAKA İLK UYGULAMALAR BERABER
YAPILMALIDIR
ELDE AŞIM UYGULAYACAK
YETİŞTRİCİLER
(En Az 1000 baş koyun)
1-1,5 AY ÖNCE
KOÇLARIN SÜRÜDEN AYRILMASINI
SAĞLAMAK
Çiftleşme bölmeleri hazırlanmalı. Gerekli malzemeler (bölme,
önlük, boya, aşım kayıt formu vs) sağlanmalı
Çiftleşmeden önce sürüye ARAMA KOÇU konarak kızgın koyunlar
tespit edilmeli
Çiftleşme bittikten sonra sürüde 15 gün boyunca koç
bulundurulmamalı
Çiftleşmeler sabahın erken saatlerinde yapılmalıdır.
Yetiştiriciye haber vermeden RUTİN OLARAK uygulamanın
SAĞLIKLI YAPILIP YAPILMADIĞI kontrol edilmeli


Çiftleşme döneminde gerek ARA
ELİT gerekse TABAN SÜRÜLERİN
hiç birinde projeye uygun olmayan
koçlar kullanılmamalıdır.
Sürüdeki tüm uygun koçlar eşit
oranda kullanılmalı, dönem farklı
olmamalıdır.
Çiftleşme tarihi
Çiftleşen koyunun numarası
Aşan koçun numarası
Çiftleşmenin akıbeti kayıt altına
alınmalı.
Dönüp tekrar çiftleşenler
yazılmalıdır



Çiftleşmede kullanılacak TEKE-KOÇLAR ÖNCEDEN TEMİN
EDİLMELİ ve bu koçlara uygun bakım besleme uygulanmalıdır.
Bir sürü içerisinde ÇOK NİTELİKLİ KOÇLAR OLSA BİLE ergin bir
koçun en fazla 2 aşım mevsiminde çiftleşmesine izin
verilmelidir. Bu koç daha sonra başka sürüde de kullanılabilir.
Sürüler arası damızlık koç değişimi akrabalığın artmasını önler.
YAŞ TAYİNİ
Üst Çene
Alt Çene
Dentes Molares (Azı)
Dentes Premolares (Önazı)
Dentes İncisivum (Kesici)
ÖLÇÜM İÇİN GEREKLİ ARAÇLAR
Ölçü Bastonu
Mezure
CANLI AĞIRLIK DENETİMLERİ
Kantar düz bir alana yerleştirilmeli ve dikkatlice
sabitlenmeli-periyodik kontrolleri yapılmalı
 El kantarlarının ayarları periyodik olarak kontrol
edilmeli
 Doğum ağırlıkları doğumu takip eden ilk 24
saat içinde yapılmalı
 Yapılacak canlı ağırlık denetimleri hayvanlar 12
saat aç bırakıldıktan sonra yapılmalı.

VÜCUT ÖLÇÜLERİ
VÜCUT UZUNLUĞU
CİDAGO YÜSEKLİĞİ
SIRT YÜKSEKLİĞİ
SAĞRI YÜKSEKLİĞİ
GÖĞÜS DERİNLİĞİ
GÖĞÜS ÇEVRESİ
GÖĞÜS GENİŞLİĞİ
SAĞRI GENİŞLİĞİ
VÜCUT UZUNLUĞU
CİDAGO YÜKSEKLİĞİ
SIRT YÜKSEKLİĞİ
SAĞRI YÜKSEKLİĞİ
GÖĞÜS DERİNLİĞİ
GÖĞÜS ÇEVRESİ
GÖĞÜS GENİŞLİĞİ
SAĞRI GENİŞLİĞİ
BAŞ ÖLÇÜLERİ
BAŞ UZUNLUĞU
ALIN GENİŞLİĞİ
KULAK UZUNLUĞU
BAŞ UZUNLUĞU
ALIN GENİŞLİĞİ
KULAK UZUNLUĞU
SÜT VERİM DENETİMLERİ
SÜT VERİM DENETİMİ






Süt verim denetimi yapılacak işletmelerin
belirlenmesi
Süt verim denetim kayıt dosyasının oluşturulması
Doğum kayıtlarından doğum başlangıcı (Laktayon
başlangıcı) veri setine kaydedilir.
Laktasyon süt verimi
Laktasyon süresi
GOSV
SÜT KONTROL KAYITLARI
İlk kontrol doğumdan 30 gün sonra başlayacak
 Kontroller aylık (28 günde bir) olarak yapılır
 Kuzuları 24 saat analarından ayırıp, bir sabah bir
de akşam olmak üzere iki sağım yapıp toplamak
 Koyunun sütü 50 ml altına düştüğünde
laktasyon bitmiş kabul edilir.
 ICAR’ın türler için önerdiği denetim yöntemleri

GENOMİK TANIMLAMA
GENOMİK TANIMLAMA / Yöntemler





Genomik tanımlama dendiğinde daha çok DNA bazlı yapılan
moleküler genetik analizlere dayalı tanımlamalar
anlaşılmaktadır.
DNA bazlı polimorfizmi tanımlamaya yönelik markörlerden elde
edilen bilgilerden filogenetik analizler, babalık testleri vb
yapılabilmektedir.
Ancak, ıslah eksenli ele alındığı zaman DNA düzeyinde bireyler
arası farkların yani polimorfizmin tek başına ortaya konması
çok fazla anlam ifade etmemektedir.
Bu bilgiler fenotipe dayalı performans tanımlamaları ile
buluşturulunca anlamlı ve kullanılabilir forma dönüşmektedir.
Dolayısıyla, bireylerin performans özelliklerinin ayrıntılı olarak
tanımlanmasına yani verim kayıtlarına olan ihtiyaç
kaçınılmazdır.
Genomik Tanımlama / Moleküler DNA markörleri




RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA: Şansa Bağlı
Çoğaltılmış Polimorfik DNA)
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism: Çoğaltılmış
Fagman Uzunluk Polimorfizmi)
Mikrosatellit markörler (SSR veya STR olarak ta
adlandırılmakta)
SNP (Single Nucleotide Poymorhism)



SSCP (single-stranded conformation polymorphism)
PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction – Restricted Fragment Length
Polymorphism)
Mikroarray SNP çipleri
PCR-RFLP



Spesifik primer çifti kullanılarak çoğaltılan hedef DNA
bölgesinin bir veya birkaç Restriksiyon Enzimi (kesim enzimi)
ile kesime uğratıldıktan sonra, agaroz jel elektroforezine tabi
tutulması ve sonra boyanarak jel görüntüleme sisteminde
görüntülenmesi ile elde edilen çeşitliliktir.
Tek bir SNP genotiplemesi için kullanılan hızlı ve pratik bir
yöntemdir.
Aday genler (Booroola, Inverdale, Lacaune, Calpastatin, βLactoglobulin, Kazein tipleri vb gibi) yönünden taramalar için
çok etkin bir şekilde kullanılmaktadır
KOYUNDA Β–LACTOGLOBULIN GENININ TAM
NÜKLEOTID DIZILIMI (TOPLAM 7379 BÇ)
1
.
.
.
1501
1561
1621
1681
1741
.
.
.
7321
gtgctcagca
.
.
.
gagtatctca
cccttcccac
ccttggctat
tgtacgtgga
ggtgggcgtc
.
.
.
tgcgcaggct
acacacccag
.
.
.
gggctgccca
ccccagagtg
ggcggccagc
ggagctgaag
tctccccaac
.
.
.
tctctctagt
caccagcatt
.
.
.
ggccggggtg
caactcaagg
gacatctccc
cccacccccg
atggaacccc
.
.
.
ttctctctag
cccgctgctc
.
.
.
ggacagagag
tccctctcca
tgctggatgc
agggcaacct
cactccccag
.
.
.
tcttctctta
ctgaggtctg
.
.
.
cccactgtgg
ggtggcgggg
ccagagtgcc
ggagatcctg
ggctgtggac
.
.
.
tcacagagca
caggcagctc
.
.
.
ggctgggggc
acttggcact
cccctgagag
ctgcagaaat
cccccggggg
.
.
.
gtctctaga
(İki allel arası tek fark 1617. sıradaki nükletitte oluşan nokta mutasyonudur)
KOYUNDA BETA LAKTOGLOBULİN GENİ
kesim yok
RsaI kesim
M BB AA AB BB AA AB
120 bp
103 bp
66 bp
37 bp
17 bp
SNP (Tek Nükleotit Polimorfizmi)




DNA’daki tek nükleotit (baz) değişiklikleri olarak adlandırılır.
Genetik koddaki tek bir nükleotit değişimine bağlı olduğundan
SNP’deki DNA varyasyonunun formu mikrosatellitlere göre daha
basittir.
Babalık testi çalışmalarında kullanılmaktadır.
Mikrosatellitlere oranla daha çok sayıda SNP’nin babalık testinde
kullanılması gerekiyor (allel sayısı az) - çiplerle kolay
47
MİKROARRAY SİSTEMLERİ
Illumina (iScan)
Affymetrix (Gene Titan)
MİKROARRAY SNP ÇİP ANALİZİ
TEK BAZ UZAMA İLE SNP GENOTİP TAYİNİ
ULUSLARARASI KOYUN GENOM KONSORSIYUMU
( IGGC: INTERNATIONAL GOAT GENOME CONSORTIUM):




Ortağı olduğumuz Konsorsiyum ile Illumina firması işbirliği ile 54241
adet SNP içeren koyun çipi (OvineSNP50 BeadArray) geliştirilmiştir.
Değişik coğrafi bölge ve ülkelerden seçilen 85 evcil koyun ırkına ait
2812 örnekte validasyon yapıldı. Ülkemizdeki koyun ırklarının da yer
aldığı tüm evcil koyun ırklarında yüksek polimorfizm sergiliyor.
Çip üzerinde yer alan 54241 lokustan 45205, 44694 ve 40451
adedinin sırasıyla Karakaş, Norduz ve Sakız yerli ırklarımızda
polimorfik olduğu doğrulandı.
Validasyon çalışması Ardından, ülkemizden 10 koyun ırkı olmak üzere
dünyadaki farklı ırklardan 75 baş koyuna dayalı tüm genom dizi
analizine dayalı daha yoğun kapasiteli (700 K) çip geliştirme
çalışmaları başlatılmış ve tamamlanma aşamasına gelmiştir.
http://www.sheephapmap.org/
ULUSLARARASI KEÇI GENOM KONSORSIYUMU
( IGGC: INTERNATIONAL GOAT GENOME CONSORTIUM):





Diğer çiftlik hayvanlarına oranla keçi türünün genomuna ait bilgiler
sınırlıdır.
INRA (Fransa) merkezli konsorsiyuma Dünya’nın değişik ülkelerinden
çok sayıda araştırıcı katılmıştır.
IGGC ‘nın ilk hedefi yeni nesil dizileme teknolojilerini kullanarak keçi
genom dizilimini çıkartmaktır.
Ayrıca, küresel ırkları temsil eden genetik polimorfizm veritabanı
oluşturularak SNP çip geliştirilmesi hedeflenmiştir.
50K Keçi SNP çipi konsorsiyum üyelerinin kullanımına sunulmuştur.
http://www.goatgenome.org/
GENOMİK SELEKSİYON




Genomik damızlık değer tahmine dayalı olarak yapılan seleksiyondur.
Son on yıl içinde kullanılmaya başlanan mikroarray tabanlı SNP
çipleri ile aynı anda on hatta yüz binlerce SNP bakımından genotip
tayini yapılma şansı yakalanmıştır.
Yüksek yoğunluklu SNP mikroarray çiplerin devreye girmesi ile
genomik seleksiyon çalışmaları yaygınlaşmaya başlamıştır.
Koyunlar için günümüzde değişik yoğunluklu SNP çipleri (Ovine 50K
SNP chips) kullanılarak genotiplemeler yapılmaktadır
SNP GENOTİP VERİLERİNİN KULLANIMI

Yüksek yoğunluklu mikroarray çiplerle elde edilen SNP bilgileri
kullanılarak:
 Referans veya deneme populasyonunda tutulan ayrıntılı
performans kayıtları ile SNP genotip bilgilerinin genom boyu
ilişki analizleri (GWAS: Genom Wide Association Studies)
kullanılak ilişkilendirilmesi sonucunda ilgilenilen verimlerle
bağlantılı QTL bilgilerine ulaşılabilmektedir.
 Ayrıca, her bir SNP allel veya genotipi için elde edilen
değerler kullanılarak çip genotiplemesi yapılan her hayvanın
genomik damızlık değeri tahmin edilebilmekte ve bu
damızlık değerler kullanılarak genomik seleksiyon
gerçekleştirilebilmektedir.
GENOMİK SELEKSIYONUN AŞAMALARI
Farklı çevre ve ırktan yüz hatta
binlerce hayvana ait DNA
Genotip ve Fenotipleri bilinen
Her karakter için
seçilen en belirleyici
SNP’ler
(30-300 SNP/Karakter)
Referans Populasyon
Tahmin Denklemi
Genomik Damızlık Değeri
W1X1+W2X2+W3X3--------
Sürekli Saflaştırma
GENOMİK DAMIZLIK DEĞER TAHMİNİ
1) Referans veya deneme
populasyonunda ayrıntılı performans
kaydı tutulur ve yüksek yoğunluklu
SNP çip genotiplemesi
2) Genç koç adaylarında
DNA testi ile genomik
damızlık değer tahmini
Etkiler
SNP1
SNP2
SNP3
0.02
0.08
-0.04
……….
0.00
SNP50,000
-0.01
0.19
Genomic DD

+45
GENOMİK DAMIZLIK DEĞER TAHMİNİ
BLUP yerine G-BLUP kulanımı:
BLUP
GBLUP
X' Z  b   X' y 
 X' X
 Z' X Z' Z + αA -1  g  =  Z' y 

  

X' Z  b   X' y 
 X' X
 Z' X Z' Z + αG -1  g  =  Z' y 

  

G = Genomik İlişki Matrisi
G matrisi markörlere dayalı olarak hesaplanan bireyler
arası ilişkileri kapsamaktadır  genomik akrabalık
GENOMİK SELEKSİYON - AVANTAJLAR

Genomik damızlık değer tahminini esas alan genomik
seleksiyon;




Daha erken yaşta damızlık değer tahmini olanağı sağlayarak generasyon
aralığını kısaltmaktadır.
Damızlık değerin isabetini arttırarak daha duyarlı damızlık seçme şansı
tanımaktadır.
Diğer önemli bir faydası ise her iki cinsiyet için seleksiyona olanak
tanımasıdır.
Karkas özellikleri, parazitlere veya hastalıklara direnç, döl
verimi, süt verimi, ömür boyu yapağı üretimi vb gibi ölçülmesi
zor ve pahalı, hayvanların kesimini gerektiren, cinsiyetle sınırlı,
erken yaşta ölçülemeyen veya kalıtım derecesi düşük olan
özelliklerde genomik seleksiyon çok daha etkin bir şekilde
kullanılabilmektedir.
TEMEL AŞAMALAR / YAPILANLAR

Genom boyu ilişki analizi ve genomik damızlık değer
tahminin temel aşamalarını aşağıdaki gibi sıralamak
mümkündür:






Referans/Deneme populasyonunun tespiti
Referans/Deneme populasyonunda ayrıntılı performans
tanımlaması
Referans populasyonda DNA örneklerinin eldesi
Her bir bireye yönelik çok yoğunluklu SNP genotiplemesi
Genom boyu ilişki analizi ile ilgilenilen verime etkili kantitatif
karakter lokusları ile bağlantılı SNP’lerin belirlenmesi
Herbir SNP genotipinin etkisinin belirlenerek genomik
damızlık değer tahmini
GELECEĞE YÖNELİK BEKLENTİLER


SNP çiplere dayalı QTL belirleme ve genomik damızlık
değer tahmini uygulamaları katlanarak artacak
Yeni nesil DNA dizi analizi sistemleri ile tüm genom
dizilimlerinin kolaylaşması ve ucuzlaması sonucunda
SNP çiplerinin yerini DNA dizileri alacaktır.
ALTYAPI OLANAĞI

DNA ekstraksiyonu, PCR-RFLP, Mikrosatellit, DNA dizi analizi,
SNP çip genotiplemesi için gerekli olan laboratuvar altyapısı
(mikroarray analiz sistemi) üniversitemiz bünyesindeki Tarımsal
Biyoteknoloji ve Gıda Güvenliği Uygulama ve Araştırma
Merkezinde (TARBİYOMER) kuruldu.
HAYVANLARDAN KAN ALMA VE ALINAN
ÖRNEKLERIN SAKLANMASI




DNA eldesi veya bazı hastalıkların teşhisi için
kan alınmaktadır.
Kan alma sırasında kan alınan bölgenin
dezenfeksiyonu iyi yapılmalıdır.
Kanı alacak personel muhakkak eldiven
kullanmalıdır.
Kan alındıktan sonra kan alınan bölgenin
enfekte olmasını engellemek için bir antiseptik
kullanılmalıdır.
HAYVANLARDAN KAN ALMAK IÇIN GEREKLI
EKIPMANLAR
Holder (iğne tutucu)
ve vakumlu kan
alma iğnesi
vakumlu kan alma tüpü
(mor kapaklılar EDTA’lı, Yeşil
kapaklılar Heparinli)
KOYUN-KEÇİDEN KAN ALIMI
Kan alınacak hayvan sabitlendikten sonra boyun
kısmında bulunan vena jugularis veya jugular vein’den
(şah damarı) kan, vakumlu kan topla tüplerine alınır.
Jugular vein/vena jugularis (Şah Damarı)
ÇIFTLIK HAYVANLARıNDAN KAN ÖRNEĞI
ALMANıN AŞAMALARı
ÇİFTLİK HAYVANLARINDAN KAN ALIMI
Kan alma sırasında hayvan sabitlenir.
Daha sonra jugular vein bulunarak tespit edilir.
Alkolle kan alınacak bölge silinir.
Daha sonra damarın içerisine vakumlu iğne ucu ile
girilir. İğne damarın içindeyken vakumlu kan toplama
tüpü iğne tutucunun (holder) içine yerleştirilerek kan
alınır.
• Kan alım işi bittikten sonra kan alınan bölge yine
alkolle dezenfekte edilir ve hayvan serbest bırakılır.
•
•
•
•
Alınan kanlar eğer analizler uzun bir süre sonra
yapılacaksa -20, -40 veya -860C’de eğer kısa sürede
değerlendirilecekse +4 0C’de saklanır.
DNA VE RNA SAFLAŞTIRMA

4 Basamaktan oluşur.
 Hücrelerin
ayrılması
 Lizis :hücrelerin parçalanması
 Protein ve diğer kontaminantlardan uzaklaştırılması
 DNA /RNA saflaştırılması
DNA VEYA RNA EKSTRAKSİYON METOTLARI
Manuel ekstraksiyon:



Ekstraksiyon öncesi süreçte öncelikle
çözeltiler (solüsyonlar) hazırlanır
Ardından, bu çözeltiler kullanılarak izlenen
çeşitli aşamalar sonunda DNA elde edilir.
Süreç uzun ancak elde edilen DNA miktarı
oldukça yüksek ve maliyeti azdır.
DNA ELDESINDE KULLANıLAN METOTLAR
25 ul Proteinase K
200 ul Kan
200 ul Lysis Buffer
Vortex
500 ul Wash
Buffer
1 dk
Santrifuj
11000 g
1 dk
Santrifuj
11000 g
1 dk
Santrifuj
11000 g
1 dk
Santrifuj
11000 g
600 ul Wash
Buffer
1 dk
Santrifuj
11000 g



Kit ile ekstraksiyon: Hazır kitler ile birkaç aşamalı işlem
sonucunda kısa sürede ekstraksiyon gerçekleştirilir.
Manuel yöntemden daha hızlıdır.
Buna karşın, daha masraflı olup elde edilen DNA miktarı
sınırlıdır.
İzole Edilen DNA örneklerinin saklama
süresine göre önerilen sıcaklık dereceleri
4 ay ve üzeri
1-3 yıl arası
Tavsiye Edilmez
7 yıla kadar
7 yıl ve üzeri
Etanol içinde uzun
saklama süresi
için önerilen
Teşekkürler
Download

veri denetimleri ve genomik tanımlama - EKKIP