OKSİDATİF STRES VE ANTİOKSİDAN KAPASİTE
İLE İLİŞKİLİ GEN POLİMORFİZMLERİNİN
DEĞİŞİK YÖNTEMLERLE BELİRLENMESİ
G. Biçim1, A. S. Yalçın1,2
[email protected]
1Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyokimya A.D. Haydarpaşa, İstanbul
2Oksante Ar-Ge Laboratuvarı, Eyüp, İstanbul
GİRİŞ
İnsanlar yaşamları boyunca hem ekzojen hemde metabolik sürecin bir
parçası olarak endojen radikal ve reaktif oksijen türlerine maruz kalırlar.
Vücut bu serbest radikaller ve reaktif oksijen türlerin etkilerini nötralize
eden bir antioksidan sisteme sahiptir ve bu sistem oksidanlar ile denge
halindedir. Bu dengenin oksidanlar lehine kayması sonucu oksidatif stres
gelişir ve bu dengesizlik, önemli hücre kompartmanlarında geri
dönüşümsüz hasara neden olabilir.
YÖNTEM
Bu çalışmada oksidatif stres ve antioksidan kapasite ile ilişkili
genlerdeki tek nükleotid polimorfizmlerinin DNA dizi analiz
yöntemleri ve ARMS-PCR yöntemleriyle belirlenmesi yapılmıştır.
Böylelikle günümüzde kanser dahil pek çok hastalığın etiyolojisinde
rol oynayan, organizmanın oksidatif stres ve antioksidan yanıtını
düzenleyen genlere ilişkin yapısal farklılıkların bir bütün olarak
taranmasına yönelik ve kişide herhangi bir kalıcı hasar oluşmadan
önlem alınabilmesini sağlayacak bir yöntem geliştirilmiş olacaktır.
Bunun önleyici tıp uygulamalarına en yararlı bilgiyi sağlayacak tanı
yöntemlerinden biri olacağı değerlendirilmektedir.
SONUÇLAR
Bu çalışmada DNA analiz yöntemi ve ARMS-PCR yöntemlerinin
optimizasyonu ile vücuttaki antioksidan enzimlerden glutatyon
peroksidaz ve glutatyon transferazın sırasıyla GPX1 ve GSTM3 gen
bölgelerine ait rs1050450 ve rs7483 SNP lerin çalışılması
gerçekleştirilmiştir.
Toplumda görülen genetik varyasyonlar sıklığı % 1'den az olan
mutasyonlar ile sıklığı % 1'den fazla olan genetik polimorfizmlerdir. Aynı
türün iki farklı bireyi arasında iki veya daha fazla dizinin varlığı olan
Polimorfizmler, tek nükleotid polimorfizmleri (SNP), mikrosatellit
tekrarları, insersiyon ve delesyonlar olarak 3 grupta incelenir. Tek
nükleotid polimorfizmleri belirli bir baz pozisyonunda meydana gelen
değişikliklerdir. Bunlar tüm genetik varyasyonların % 90'ını oluştururlar.
SNP sessiz kalabildiği gibi protein fonksiyonunun değişmesine de yol
açabilir. Gen kodlayan bölgelerde görülen SNP varyantları, bir proteinin
amino asit sekansını değiştirerek protein fonksiyonunu doğrudan
etkilemektedir. Epidemiyolojik ve biyomedikal araştırmalar, farklı
populasyonlarda hasta bireyler ve sağlıklı kontroller arasındaki SNP
farklılıklarını ortaya koymaktadır.
GPX1 ARMS-PCR jel görüntüsü
1-2: GPX1 rs1050450 SNP bölgesindeki "mutant allel" için tasarlanmış primer ile
ARMS-PCR
3-4: GPX1 rs1050450 SNP bölgesi "wild type allel" için tasarlanmış primer ile
AMS PCR
GSTM3 ARMS-PCR jel görüntüsü
1-6: GSTM3 Val224Leu (rs7483) SNP bölgesi "wild type allel" için tasarlanmış
primer ile ARMS-PCR
DNA Dizileme rs1050450 için SNP bölgesi (C>T)
KAYNAKLAR
DNA örneklerinde spesifik SNP allelleri incelenerek bireylerin hastalıklara
yatkınlıklarını belirlemek üzere tarama yapılabilmektedir. SNP'ler başta
kanser olmak üzere diyabet, migren, otoimmün hastalıklar, Alzheimer
hastalığı ve bazı kardiyovasküler hastalıklar gibi özellikle toplumlarda
sıklığı yüksek olan hastalıklarla ilişkilendirilmiştir. Bunun yanında,
oksidatif stresle ilişkili bazı antioksidanlarında gen düzeyindeki
değişiklikleri bildirilmiştir. Çalışmamızda gönüllü ve sağlıklı bireylerden
alınan kan örneklerinde antioksidan aktivite ölçümleri yapılması. Bunun
yanı sıra DNA örneklerinde iki değişik yöntem ile gen düzeyinde inceleme
yapılarak aralarındaki ilişkiyi ortaya çıkarmayı amaçladık.
•
•
•
•
•
Mannervik B, Guthenberg C. (1981). Glutathione transferase (human
placenta). Meth Enzymol, 77: 231-235.
McPherson MJ and Moller SG. (2006). PCR. 2nd ed, Taylor&Francis
Group, MPG BOOKS Limited, Bodmin, Cornwall, UK.
Newton CR, Graham A, Heptinstall LE, Powell SJ, Summers C,
Kalsheker N, Smith JC, Markham AF. (1989). Analysis of any point
mutation in DNA. The amplification refractory mutation system
(ARMS). Nucleic Acids Research, 17(7): 2003-2017.
Ohkawa H, Ohishi N, Yagi K. (1979). Assay for lipid peroxides in
animal tissues by thiobarbituric acid reaction. AnalBiochem, 95(2):
351-358.
Suzen SH, Gucyener E, Sakalli O, Uckun Z, Kose G, Ustel D, Duydu
Y. (2010). CAT C-262T and GPX1 Pro198Leu polymorphismis in a
Turkish population. Mol Biol Rep, 37: 87-92.
Download

oksidatif stres ve antioksidan kapasite ile ilişkili gen