Proje no:10B3338010
Proje Yürütücüsü: Prof. Dr. Okan ERTUĞRUL - Ankara Üniversitesi
Türkiye Yerli Keçi Irklarından Farklı Haplotiplerin Tüm mtDNA Genom Dizi Analizi
ÖZET
Tüm evcil hayvanlarda olduğu gibi Anadolu’ya özgü bazı yerli keçi ırklarında mitokondriyal
DNA (mtDNA) üzerinde bulunan polimorfizmlerden yararlanılarak ırklar arasındaki
filogenetik ilişkiler dolayısıyla da genetik, tarihi ve coğrafi ilişkiler ortaya konulabilmektedir.
Irklar arasında filogenetik ilişkilerin belirlenmesi, evciltme süreci ve ırkların tarihsel gelişimine
ışık tuttuğu gibi genetik kaynakların durumu ve korunmaları ile ilgili eylemlerin belirlenmesi
açısından da önemlidir. Bu bağlamda, proje ekibi tarafından önceki çalışmalarda,
TÜRKHAYGEN-1 projesi kapsamında, evciltme merkezlerinden birisi olan Türkiye’ye özgü
yerli keçi ırklarının mtDNA D-Loop bölgesi dizi analizleri ile ön moleküler tanımlanması
yapılmıştır. Bu proje ile de farklı haplogruplara atanan yani farklı maternal geçmişe sahip
olduğu ortaya çıkartılan keçilerin tüm mtDNA genomu yeni nesil genom sekanslama analizleri
ile incelenerek mevcut varyasyonun ve filogenetik ilişkilerin belirlenmesi; Türkiye yerli keçi
ırklarında belirlenen G haplogrubu ile ilgili olarak mtDNA genom dizisinin GenBank’a
kaydının yaptırılması ve literatürdeki eksikliğin giderilmesi planlanmıştır. Ayrıca protein
kodlayan 13 gen, transfer RNA (tRNA) kodlayan 22 gen ve ribosomal RNA (rRNA) kodlayan
2 gen bölgesine ait nükleotid dizilimleri ile ilgili olarak türler arası kullanım için de veri
sağlanmış olacaktır.
PROJENİN AMACI
Sunulan proje kapsamında;
1.
mtDNA yeni nesil genom sekanslama analizi yapılarak haplotipler arası tüm mtDNA
genom çeşitliliğinin belirlenmesi ve dolayısıyla çalışılan ırklar ile diğer dünya ırkları
arasındaki filogenetik ilişkilerin ortaya çıkartılması ve keçilerin evciltme tarihine katkıda
bulunulması;
2.
Proje ekibi tarafından ön moleküler çalışmalarla belirlenmiş olan G haplogrubu ile
ilgili olarak mevcut literatürdeki mtDNA genom dizi eksiğinin tamamlanması ve Türkiye yerli
ırklarından çıkan bu dizinin GenBank’ta kayıt altına alınmasının sağlanması;
3.
mtDNA genomu üzerinde yer alan, protein kodlayan 13 gen, transfer RNA (tRNA)
kodlayan 22 gen ve ribosomal RNA (rRNA) kodlayan 2 gen bölgesine ait nükleotid dizilimleri
ile ilgili olarak tür içi ve türler arası kullanım açısından veri sağlanması;
4.
Doğal gen kaynakları olan yerli ırkların moleküler genetik karakterizasyonunun
belirlenmesine katkıda bulunulması ve mevcut varyasyonun ve ırka özgü mutasyonların ırklar
tamamen kaybedilmeden ortaya konulması;
5.
Proje uygulanmasında görev alacak doktora öğrencilerinin populasyon genetiği ve ileri
düzey filogenetik analizler konusunda uzmanlaşmaları hedeflenmiştir.
The Whole mtDNA Genome Sequence Analysis of Different Haplotypes from Turkey
Native Goat Breeds.
ABSTRACT
Phylogenetic relationships and also genetic, historical and geographical relations between
breeds are put forth by using polymorphisms on the mitochondrial DNA (mtDNA) in the
some of the native Anatolian goat breeds, as well as all domesticated animals. Determination
of phylogenetic relationships among the breeds is important in determining the status and
actions related to conservation of genetic resources, besides shedding light on the historical
development of breeds and domestication process. In this context, D-loop region of mtDNA
sequence analysis and molecular identification of some of the native Turkish goat breeds were
completed by the project team (TURKHAYGEN-1 project). With this project is planned to
identification of existing variation and phylogenetic relationships of the goats assigned to
different haplogroups by examining with new generation genome sequencing analysis; to
record of the G haplogroup by GenBank and is aimed to remedy the deficiency in the
literature. In addition, data will be provided for using between species with the nucleotide
sequences of the 13 genes encoding proteins,22 genes encoding transfer RNAs and 2 genes
encoding ribosomal RNAs.
Download

Proje no:10B3338010 Türkiye Yerli Keçi Irklarından