Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium
mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 1 z 17
Verze číslo: 2
Laboratorní příručka
Obsah:
1.
2.
3.
Účel a oblast platnosti dokumentu ............................................................................................. 2
Zkratky ......................................................................................................................................... 2
Informace o laboratoři ................................................................................................................ 3
3.1
Základní informace o laboratoři............................................................................................ 3
3.2
Odpovědnosti a pravomoci ................................................................................................... 4
4. Postup (popis činností) ................................................................................................................ 4
4.1
Požadavky pro provedení analýzy ........................................................................................ 4
4.1.1
Žádanky (požadavkové listy) ................................................................................................ 4
4.1.2
Informovaný souhlas pacienta .............................................................................................. 5
4.1.3
Postup pro odběr primárních vzorků a příprava pacienta před odběrem .............................. 5
4.1.4
Druhy odběrových nádobek, požadované množství biologického materiálu a zacházení se
vzorkem v době mezi odběrem a přijetím vzorku do laboratoře......................................................... 5
4.1.5
Označování vzorků odesílaných do laboratoře ..................................................................... 6
4.2
Dodatečná vyšetření.............................................................................................................. 6
4.3
Preanalytické procesy v laboratoři........................................................................................ 6
4.3.1
Příjem vzorků a žádanek, urgentní vzorky............................................................................ 6
4.3.2
Kritéria pro přijetí nebo odmítnutí vzorků ............................................................................ 6
4.3.3
Manipulace a skladování vzorků před analýzou ................................................................... 7
4.4
Postupy vyšetření .................................................................................................................. 7
4.5
Vydávání výsledků a komunikace s laboratoří ..................................................................... 7
4.5.1
Formy výsledkových zpráv, způsob vydávání ...................................................................... 7
4.5.2
Dostupnost výsledků............................................................................................................. 7
4.5.3
Hlášení kritických hodnot ..................................................................................................... 8
4.5.4
Opravy vydaných výsledkových zpráv ................................................................................. 8
4.5.5
Uvolňování výsledků ............................................................................................................ 8
4.6
Konzultační činnost laboratoře ............................................................................................. 8
4.7
Způsob řešení stížností.......................................................................................................... 8
4.8
Řízení kvality ........................................................................................................................ 9
4.8.1
Odpovědnosti ........................................................................................................................ 9
4.8.2
Vnitřní kontrola kvality......................................................................................................... 9
4.8.3
Externí hodnocení kvality (EHK) ......................................................................................... 9
4.9
Přehled prováděných vyšetření ............................................................................................. 9
4.9.1
Přehled zpracovávaného biologického materiálu.................................................................. 9
4.9.2
Doba odezvy laboratoře ...................................................................................................... 10
4.9.3
Prováděná diagnostická vyšetření – biochemická sekce..................................................... 11
4.9.4
Prováděná diagnostická vyšetření – molekulárně genetická sekce..................................... 13
5. Vznikající dokumenty a údaje.................................................................................................. 17
6. Související dokumenty............................................................................................................... 17
Účinnost dokumentu
Zpracoval:
Ing. Kateřina Veselá, Ph.D. od: 12.3.2014
Schválil:
RNDr. Hana Hansíková, CSc.
První vydání:
dne: 25.3.2014
dne: 1.6.2011
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 2 z 17
Verze číslo: 2
1. Účel a oblast platnosti dokumentu
Laboratorní příručka obsahuje kompletní informace o nabídce služeb Laboratoře pro studium
mitochondriálních poruch o prováděných laboratorních činnostech. Poskytuje základní
informace o správném odběru biologického materiálu, o zacházení s materiálem před a po
provedení vyšetření. V dokumentu jsou definovány postupy pro řízení kvality.
Laboratorní příručka je závazná pro všechny pracovníky Laboratoře pro studium
mitochondriálních poruch, KDDL, 1.LF UK a VFN v Praze.
2. Zkratky
LPSMP
KDDL
1. LF
UK
VFN
EHK
IČP
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
Klinika dětského a dorostového lékařství
1. Lékařská fakulta
Univerzita Karlova v Praze
Všeobecná fakultní nemocnice v Praze
externí hodnocení kvality
identifikační číslo pacienta
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
LAB–LPSMP
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
Strana 3 z 17
Verze číslo: 2
3. Informace o laboratoři
3.1
ZÁKLADNÍ INFORMACE O LABORATOŘI
Název: Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch, KDDL, 1.LF UK a VFN Adresa: Ke Karlovu 2, 128 08 Praha 2 Umístění: areál KDDL, budova E4, 2. patro tel/fax: +420224967099 web: http://mitolab.lf1.cuni.cz laboratorní vyšetření v klinické biochemii a molekulární genetice (biochemická genetika) RNDr. Hana Hansíková, CSc. vedoucí laboratoře +420 22496 7748 [email protected]; [email protected] Zaměření: sekretariát +420 22496 7749 centrální příjem materiálu a +420 22496 7199 objednávky vyšetření RNDr. Hana Hansíková, CSc. +420 22496 7748 biochemická sekce [email protected]; [email protected] MUDr. László Wenchich, Ph.D. Pověřený pracovník +420 22496 7749 biochemické sekce [email protected] Ing. Markéta Tesařová, Ph.D. Molekulárně‐genetická sekce +420 22496 7748 [email protected] Pověřený pracovník Prof. MUDr. Jiří Zeman, DrSc. molekulárně‐genetické sekce [email protected] Ing. Kateřina Veselá, Ph.D. Manažer kvality laboratoře +420 22496 7748 [email protected] Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch je součástí Kliniky dětského a
dorostového lékařství 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy a Všeobecné fakultní nemocnice
v Praze.
LPSMP se nachází ve 2. patře budovy E4 v areálu KDDL, Ke Karlovu 2, 128 08 Praha
2.
Jako součást zdravotnického zařízení (VFN) laboratoř zajišťuje diagnostiku
mitochondriálních a jiných dědičných poruch na úrovni biochemické, enzymatické a
molekulárně genetické. Zároveň jako pracoviště 1.LF UK se věnuje výzkumné činnosti a
výuce pre- a postgraduálních studentů.
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 4 z 17
Verze číslo: 2
Laboratoř má v souladu se svým přístrojovým vybavením a odbornými možnostmi
stanoven soubor metod laboratorních vyšetření, která může realizovat. Zaměstnanci laboratoře
splňují svým vzděláním podmínky odborné způsobilosti.
Laboratoř se připravuje na akreditaci Českým institutem pro akreditaci, dle normy ČSN
EN ISO 15 189 a spolu s VFN na akreditaci dle norem SAK.
3.2
ODPOVĚDNOSTI A PRAVOMOCI
Vedoucí laboratoře:
• odpovídá za dodržování Laboratorní příručky
• odpovídá za odbornost provozu laboratoře a poskytovaných služeb
• odpovídá za administrativní dohled řízení programů kvality
• provádí průběžnou kontrolu provozu laboratoře
Pověřený pracovník:
• odpovídá za uvolňování výsledků vyšetření
• odpovídá za interpretaci výsledků vyšetření
Všichni zaměstnanci oddělení:
• jsou povinni dodržovat postupy definované v Laboratorní příručce a další
záležitosti vyplývající z ostatní dokumentace LPSMP a VFN.
4. Postup (popis činností)
4.1 POŽADAVKY PRO PROVEDENÍ ANALÝZY
Cílem této kapitoly je seznámení s obecnými požadavky pro provedení analýzy včetně
požadavků pro odběr a zacházení s primárními vzorky určenými k analýzám v naší laboratoři.
4.1.1
Žádanky (požadavkové listy)
Základními požadavkovými listy jsou řádně vyplněné žádanky o biochemické či
molekulárně biologické vyšetření, které jsou přílohou této příručky, či dostupné na
internetových stránkách laboratoře (http://mitolab.lf1.cuni.cz/).
Požadavek na vyšetření lze poslat na jakémkoliv typu žádanky, pokud bude splňovat
všechny formální náležitosti, tedy obsahovat:
• jednoznačnou identifikaci pacienta
• rodné číslo pacienta (u novorozenců datum narození)
• jméno a příjmení pacienta
• u cizích státních příslušníků číslo pojištěnce
• datum narození a pohlaví pacienta v případě, že tato data nejsou
jednoznačně určena číslem pojištěnce
• kód pojišťovny
• identifikaci objednavatele vyšetření (může být uvedeno na razítku)
• čitelně jméno lékaře
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 5 z 17
Verze číslo: 2
• název zdravotnického zařízení či oddělení
• IČP a odbornost lékaře (u žadatelů z VFN nákladové středisko oddělení)
• kontakt na objednavatele (adresa, telefon, fax)
podpis lékaře
datum a čas odběru primárního vzorku, identifikace pracovníka provádějícího odběr
požadovaná vyšetření k danému vzorku
základní diagnózu pacienta (číselně)
druh primárního vzorku či tkáňový původ vzorku
•
•
•
•
•
Bez výše uvedených údajů na žádance nelze vyšetření provést.
4.1.2
Informovaný souhlas pacienta
Nedílnou součástí žádanek o molekulárně genetická vyšetření je řádně vyplněný a
podepsaný Informovaný souhlas pacienta s požadovaným vyšetřením. Informovaný souhlas
slouží mimo jiné jako doplňující informace pro laboratoř o nakládání se zbylým biologickým
materiálem po skončení vyšetření.
Formulář Informovaného souhlasu je přílohou tohoto dokumentu a zároveň je dostupný
na internetových stránkách laboratoře (http://mitolab.lf1.cuni.cz/). Bez přiloženého
vyplněného formuláře, či jeho kopie nelze vyšetření provést.
Informované souhlasy spojené s invazivními metodami odběru nejsou v kompetenci
laboratoře, nicméně na internetových stránkách laboratoře jsou k dispozici také Informovaný
souhlas s budoucím vyšetřením bioptických tkání s informačním listem a Informovaný souhlas
s odběrem vzorků autoptických tkání s informačním listem.
4.1.3
Postup pro odběr primárních vzorků a příprava pacienta před odběrem
Laboratoř nedisponuje odběrovým centrem. Odběr primárních vzorků zajišťují
indikující strany. Laboratoř nenese odpovědnost za odběr a transport vzorků do laboratoře.
Indikující strana svým podpisem na žádance pro dané vyšetření stvrzuje, že vzorek byl
odebrán a transportován dle pokynů této Laboratorní příručky.
Instrukce pro odběr nestandardních, specifických vzorků jsou uvedeny na webových
stránkách laboratoře (http://mitolab.lf1.cuni.cz/).
Konkrétní požadavky pro transport a uchovávání vzorků jsou uvedeny v kapitole 4.9.
v souvislosti s konkrétními prováděnými vyšetřeními.
4.1.4
Druhy odběrových nádobek, požadované množství biologického materiálu a
zacházení se vzorkem v době mezi odběrem a přijetím vzorku do laboratoře
Vzhledem k rozmanitosti prováděných vyšetření jsou informace o druhu odběrových
nádobek, požadovaném množství a podmínek transportu vzorku do laboratoře uvedeny
k jednotlivým vyšetřením v kapitole 4.9, protože se mohou lišit v závislosti na požadované
analýze.
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
4.1.5
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 6 z 17
Verze číslo: 2
Označování vzorků odesílaných do laboratoře
Každý vzorek (odběrová nádobka) musí být označena štítkem s uvedením minimálně
• jméno a příjmení pacienta
• rodné číslo pacienta (pokud je to možné), případně jiný kód (datum, rok narození
apod.)
• pokud je to vhodné typ, původ materiálů (vzorky z biopsií, autopsií apod.)
V případě odběru vzorků jedinců stejného či snadno zaměnitelného jména je nutné dbát na
jednoznačnost označení materiálu (uvádět vždy rodné číslo či datum narození).
4.2 DODATEČNÁ VYŠETŘENÍ
Možnost dodatečných vyšetření je limitována vlastnostmi, množstvím a uchováváním
zpracovávaného biologického materiálu.
Dodatečná vyšetření jsou možná po domluvě s vedoucím laboratoře a následném
dodání žádanky k požadovanému dodatečnému vyšetření.
4.3 PREANALYTICKÉ PROCESY V LABORATOŘI
4.3.1
Příjem vzorků a žádanek, urgentní vzorky
Všechny vzorky přijímá služba na Centrálním příjmu vzorků, který se nachází
v prostoru vstupu do laboratoře. Podrobné postupy týkající se příjmu a evidence žádanek a
biologického materiálu jsou shrnuty v interním dokumentu Příjem a zpracování biologického
materiálu (PP-LPSMP-1).
Vzhledem k charakteru prováděných vyšetření laboratoř nepřijímá statimové vzorky.
4.3.2
Kritéria pro přijetí nebo odmítnutí vzorků
K analýzám jsou přijímány vzorky s náležitě vyplněnou žádankou a informovaným
souhlasem pacienta (u molekulárně genetických analýz), které nenesou zjevné známky
nedodržení pravidel pro odběr a transport vzorků.
Kritéria pro nepřijetí materiálu:
• neoprávněný požadavek, laboratoř neprovádí požadované vyšetření
• žádanka s biologickým materiálem, na které chybí nebo jsou nečitelné základní
údaje (identifikace pacienta, zdravotní pojišťovny, odesílajícího lékaře) a není
možné chybějící údaje doplnit
• nesrovnalosti mezi údaji na žádance (jméno, r.č.) a označením vzorku
• vzorek není odebrán v souladu s požadavky pro odběr vzorku a tím je
znemožněno vzorek zpracovat a analyzovat (nevhodná odběrová nádoba či
médium, nevhodný typ vzorku apod.)
• vzorek je znehodnocen (rozlití, nevhodné zmražení či rozmražení)
Ve všech případech je žadatel (pokud je znám) o situaci informován.
Neshody při příjmu vzorků:
• neúplnost údajů na žádance či v informovaném souhlasu
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 7 z 17
Verze číslo: 2
• vzorek bez žádanky
• nedostatečné množství vzorku
• kvalita vzorku
U těchto neshod je založeno chybové hlášení (dle PP-LPSMP-1).
Pokud je to možné, jsou podniknuty okamžité kroky v komunikaci s objednavatelem
vyšetření (pokud je znám apod.) pro doplnění všech potřebných informací a náležitostí.
Vzhledem k tomu, že každý biologický materiál je cenný a mnohdy nenahraditelný, jeli to možné, je vzorek primárně zpracován do podoby vhodné ke skladování. Analýzy a
vydávání výsledků jsou ovšem možné až po odstranění nalezených neshod.
4.3.3
Manipulace a skladování vzorků před analýzou
a) před přijetím do laboratoře:
Kritéria pro manipulaci, skladování a transport materiálu se mohou lišit v závislosti na
požadovaném vyšetření. Doporučení jsou uvedena v kapitolách pro příslušná vyšetření.
b) po přijetí vzorku do laboratoře:
Po přijetí vzorku do laboratoře je s ním zacházeno v souladu s vypracovanými postupy
pro jednotlivé analýzy.
4.4 POSTUPY VYŠETŘENÍ
Seznam prováděných vyšetření včetně podrobnějších informací a doby odezvy je
uveden v kapitole 4.9 této příručky.
Konkrétní analýzy probíhají dle speciálních pracovních postupů (SOP), která jsou pro
daná vyšetření v laboratoři vypracována.
4.5 VYDÁVÁNÍ VÝSLEDKŮ A KOMUNIKACE S LABORATOŘÍ
4.5.1
Formy výsledkových zpráv, způsob vydávání
Výsledky jsou vydávány v souladu s požadavky VFN a to přes informační systém Medea a
zároveň jsou tyto záznamy tištěny a dodávány v papírové formě žadateli, objednateli (vnitřní
pošta VFN či externím žadatelům zasílány Českou poštou). Výsledky nejsou sdělovány
telefonicky s výjimkou hlášení kritických hodnot. Výsledky jsou odesílány (sdělovány) pouze
lékaři, který vyšetření indikoval.
4.5.2
Dostupnost výsledků
Žadatelé s přístupem k informačnímu systému Medea mají biochemický výsledek
přístupný on-line. Vzhledem k možnostem systému Medea a snaze zachovat etická hlediska
sdělování molekulárně-genetických vyšetření, nejsou výsledky těchto vyšetření přístupny online.
Kopie papírové formy výsledku může být opětovně zaslána žadateli na vyžádání.
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
4.5.3
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 8 z 17
Verze číslo: 2
Hlášení kritických hodnot
Výsledek vyšetření, jehož absence může vést k nebezpečí z prodlení (analýza hladiny 7dehydrocholesterol, ALDOB), tedy k ohrožení základních životních funkcí či k prodlení ve
způsobu léčby, je sdělován objednavateli v co nejkratším časovém intervalu od zjištění.
Sdělování výsledků pacientům není dovoleno.
4.5.4
Opravy vydaných výsledkových zpráv
V případě, že je vydán nesprávný výsledek, kontaktuje pracovník pověřený vedoucím
laboratoře objednavatele, který je seznámen s nastalou skutečností. Je vydán nový výsledek.
Nový výsledek je zaslán objednavateli a jeho kopie spolu se záznamem o předchozí
komunikaci s objednavatelem (datum, čas, osoba) je archivována dle pravidel ukládání
výsledků v laboratoři (N-LPSMP-13).
4.5.5
Uvolňování výsledků
Před vydáním jsou všechny výsledky kontrolovány a podepsány oprávněným
pracovníkem za danou analýzu a pověřenou osobou v závislosti na typu analýz, tedy lékařem
– biochemikem resp. lékařem – genetikem, kteří zároveň odpovídají za interpretaci
vydávaných výsledků.
4.6 KONZULTAČNÍ ČINNOST LABORATOŘE
Lékařům a žadatelům o vyšetření jsou poskytovány odborné konzultace a oblasti
související s nabízenými laboratorními vyšetřeními. Kontakty jsou uvedeny v kapitole 3
Laboratorní příručky.
4.7 ZPŮSOB ŘEŠENÍ STÍŽNOSTÍ
Stížnost lékaře, pacienta a ostatních účastníků je podnětem pro zlepšení práce na našem
pracovišti a zabýváme se prošetřením každé uplatněné stížnosti.
Stížnost lze podávat na:
• výsledky laboratorních vyšetření
• způsob jednání pracovníků
• nedodržení ujednání vyplývajících z uzavřené dohody o provedení vyšetření a
• nedodržení dohodnuté lhůty
Způsob podání stížnosti:
• písemně (poštou, faxem, e-mailem)
• ústně (telefonicky, při osobním jednání)
Termíny pro vyřízení stížností:
• Pokud stížnost není řešena ihned, je termín na vyřízení stížnosti 30 dnů. Odpovědný
pracovník zákazníkovi telefonicky sdělí výsledek šetření.
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 9 z 17
Verze číslo: 2
4.8 ŘÍZENÍ KVALITY
4.8.1
Odpovědnosti
Za řízení kvality v laboratoři odpovídá vedoucí laboratoře.
Manažer kvality odpovídá za praktické provádění procesů spojených s řízením kvality. Úzce
spolupracuje s interními auditory.
4.8.2
Vnitřní kontrola kvality
Vnitřní kontrola kvality probíhá na několika úrovních.
Kontrolu kvality v rámci celého procesu prověřuje interní auditor při pravidelných auditech.
Kontrola kvality na úrovni přístrojového vybavení je ověřována v souladu s
doporučeními výrobců při pravidelných validacích používaných přístrojů. Za kontrolu kvality
na této úrovni odpovídá metrolog.
Kontrola kvality na úrovni konkrétních metod je průběžně ověřovaná používáním
kontrolních a slepých vzorků při jednotlivých stanoveních a pravidelným prováděním validací
a verifikací používaných stanovení a metod. Provádění těchto činností se řídí směrnicemi
LPSMP.
Za kontrolu kvality a vyhodnocování výstupů odpovídají vedoucí příslušných sekcí,
kterých se dané metody týkají.
4.8.3
Externí hodnocení kvality (EHK)
Onemocnění, která jsou v LPSMP vyšetřována patří mezi vzácné poruchy, proto i
prováděná vyšetření mohou být vysoce specifická. EHK je proto omezená, daná dostupností
nabízených EHK.
Za zjišťování dostupnosti a následné provádění EHK odpovídají vedoucí příslušných
sekcí, kterých se dané metody týkají.
Mezi pravidelné EHK, kterých se laboratoř účastní, patří hodnocení DNA sekvenování v
rámci programu EMQN EQA a skríning kongenitálních poruch glykosylace (CDG)
v programu ERNDIM.
4.9 PŘEHLED PROVÁDĚNÝCH VYŠETŘENÍ
4.9.1
Přehled zpracovávaného biologického materiálu
LPSMP provádí specializovaná biochemická a molekulárně-genetická vyšetření. Biologický
materiál přijímaný k vyšetření:
• periferní krev nebo po domluvě i její frakce (plazma, lymfocyty, trombocyty,
erytrocyty …)
• sérum
• mozkomíšní mok
• plodová voda
• tkáně z biopsií
• tkáně z autopsií
• fibroblasty
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
•
•
•
•
•
•
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 10 z 17
Verze číslo: 2
slizniční stěr z dutiny ústní
vlasové folikuly
moč (na močový sediment pro izolaci DNA)
choriové klky
izolovaná DNA
jiné biologické materiály po domluvě s vedoucím laboratoře
Přesný požadavek na typ a kvalitu materiálů je specifikován u jednotlivých vyšetření.
4.9.2
Doba odezvy laboratoře
Standardní maximální doba odezvy (délka provedení vyšetření) pro prováděná
diagnostická vyšetření je 12 týdnů. Odlišnosti od standardu jsou uvedeny u jednotlivých
vyšetření.
Individuální úprava doby odezvy je možná po předchozí domluvě s vedoucím
laboratoře a závisí na typu metody a vytíženosti laboratoře.
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
4.9.3
LAB–LPSMP
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
Strana 11 z 17
Verze číslo: 2
Prováděná diagnostická vyšetření – biochemická sekce
název Požadovaný materiál Podmínky přepravy* Biochemická vyšetření 7‐dehydrocholesterol (7‐DCH) hladina koenzymu Q10 (CoQ10) 2 ml srážlivé krve 4 Sérum 4 ‐20 °C, ochrana před světlem (v alobalu) 1ml plodové vody 4 ‐20 °C, ochrana před světlem (v alobalu) 2 ml krve v Li/heparinu 7ml krve do EDTA různé tkáně 1 Na suchém ledu (‐80°C) nebo v N2 hladina nízkosialovaných isoforem Transferinu (TRF) a Apolipoproteinu CIII ( Apo CIII) 2 ml srážlivé krve sérum ‐20 °C neurotransmitery (DOPAC, MHPG, HIAA, HVA) mozkomíšní mok 3,5 Na suchém ledu (‐80°C), ochrana před světlem (v alobalu) Enzymatická vyšetření –specifické aktivity enzymů Komplexy dýchacího řetězce: ‐ NADH:ubichinon reduktáza (komplex I) ‐ Sukcinát:ubichinon reduktáza (komplex II )
‐ Ubichinon:cytochrom c reduktáza (komplex III) ‐ NADH:cytochrom c reduktáza (komplex I+III) ‐ Sukcinát:cytochrom c reduktáza (komplex II+III) ‐ Cytochrom c oxidáza (komplex IV) a Citrátsyntáza sval z biopsie 2 Na ledu 4°C, doručit do 1 hodiny po odběru kultivované fibroblasty 2x 4,5ml krve v citrátu sodném Nesmí se chladit! Doručit do 1 hodiny po odběru různé tkáně 1 Na suchém ledu (‐80 °C) nebo v N2 7ml krve do EDTA ATPása sval z biopsie 2 Na ledu 4°C, doručit do 1 hodiny po odběru Pyruvátdehydrogenáza (PDH) 7ml krve do EDTA různé tkáně 1 Na suchém ledu (‐80 °C) nebo v N2 různé tkáně 1 Na suchém ledu (‐80 °C) nebo v N2 Fumaráthydratáza (FH) Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
LAB–LPSMP
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
Strana 12 z 17
Verze číslo: 2
kultivované fibroblasty 7ml krve do EDTA různé tkáně 1 Na suchém ledu (‐80 °C) nebo v N2 kultivované fibroblasty 7ml krve do EDTA 2‐oxoglutarátdehydrogenáza (OGDH) 7ml krve do EDTA Fosfomanomutáza (PMM2) Fosfoizomeráza (PMI) Fosfoglukomutáza (PGM) kultivované fibroblasty Dihydrolipoamiddehydrogenáza (E3) Thymidinfosforyláza (TP) Další mitochondriální enzymy (např. dehydrogenázy větvených aminokyselin apod.) 7ml krve do EDTA 7ml krve do EDTA kultivované fibroblasty 7ml krve do EDTA Proteinové analýzy Proteinové množství a složení komplexů dýchacího řetězce, ATPázy ( systém OXPHOS) a PDH různé tkáně 1 Na suchém ledě (‐80 °C), nebo v N2 kultivované fibroblasty Vysvětlivky k tabulce: * není‐li uvedeno jinak, je doporučeno u vzorku zachovat pokojovou teplotu pro přepravu 1 různé tkáně , tkáně odebrat do 2 hodin po úmrtí a ihned zamrazit v N2, skladování ‐80C, kontaktovat laboratoř 2 sval z biopsie ( minimálně 100 mg), v případě svalové biopsie je nezbytné vždy v časovém předstihu kontaktovat laboratoř 3
mozkomíšní mok ( minimálně 1,5ml), zamražený přímo u lůžka ‐ suchý led a ethanol 4
maximální doba odezvy 2 týdny 5
maximální doba odezvy po dohodě Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
4.9.4
LAB–LPSMP
Laboratorní příručka
Strana 13 z 17
Verze číslo: 2
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
Prováděná diagnostická vyšetření – molekulárně genetická sekce
Onemocnění, syndrom Vyšetřovaný gen Primární vzorek izolace DNA pro uchování či zaslání 1 C; D; R izolace RNA (lymfocytů) pro uchování či zaslání 2 C; D Mitochondriální poruchy analýza mutací v mitochondriální DNA (mtDNA): sy MELAS (3243A>G, 3271T>C, 13513G>A) 3 MTTL1 sy MERRF (8344A>G, 8363G>A) 3 MTTK sy NARP (8993T>G,C) 3 MTATP6 sy LHON (3460G>A, 11778G>A, 14484T>C) 3 delece v mtDNA3 hluchota (maternálně děděná, nesyndromová) 3 MTRNR1, MTTS1 sekvenování celé mtDNA deplece mtDNA2 2xC nebo 1xD; R R (sval, játra, srdce) analýza genů lokalizovaných na jaderné DNA SURF1 SCO1 deficit cytochrom c oxidázy (COX ; komplex IV) SCO2 COX10 COX15 DLD PDHA1 (X‐vázané) deficit pyruvátdehydrogenázy (PDH) 2xC nebo 1xD PDHX PDHB DLAT (E2 podj.) geny pro stabilitu a replikaci mtDNA Alpersův syndrom POLG1 helikáza Twinkle PEO1 adeninnukleotidový přenašeč ANT1 syndrom MNGIE TYMP 2xC nebo 1xD Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
thymidinkináza 2 TK2 deoxyguanosinkináza DGUOK sukcinyl‐koenzym A ligáza SUCLA2 optická atrofie OPA1 optická atrofie 3 OPA3 deplece mtDNA RRM2B deplece mtDNA MPV17 LAB–LPSMP
Strana 14 z 17
Verze číslo: 2
deficit produkce ATP neonatální encefalo‐kardiomyopatie, protein Tmem70 TMEM70 asemblační faktor ATP12 ATPAF2 podjednotka e ATP syntázy ATP5E mitochondriální přenašeč fosfátu Pi SLC25A3 2xC nebo 1xD další geny systému OXPHOS Barthův syndrom TAZ syndrom MLASA PUS1 syndrom MLASA YARS2 sukcinátdehydrogenáza, podjednotka A, komplex II SDHA mitochondriální tryptofanyl‐tRNA transferáza WARS2 pontocerebelární hypoplázie RARS2 leukoencefalopatie s postižením mozkového kmene DARS2 a míchy a s laktátovou acidózou, LBSL 2xC nebo 1xD poruchy glykosylace (CDG syndromy) (CDG Ia) PMM2 (CDG Ib) MPI (CDG Id) ALG3 (CDG Ic) ALG6 4 (CDG Ih) ALG8 (CDG In) RTF1 4 (CDG Ie) DPM1 (CDG If) MPDU1 (CDG It) PGM1 (CDG IIe) COG7 2xC nebo 1xD Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
mnohočetné exostózy typ I EXT1 mnohočetné exostózy typ II EXT2 transferin TF LAB–LPSMP
Strana 15 z 17
Verze číslo: 2
deficit koenzymu Q10 spinocerebellární ataxie, typ 9 CABC1 PDSS1 COQ2 COQ6 COQ9 APTX hereditární fruktózová intolerance (HFI) ALDOB fumarová acidúrie, leiomyomatóza FH kongenitální myasténie (acetylcholinový receptor, podjednotka ε) CHRNE tyrosinémie I FAH Segawa syndrom AR (tyrosinhydroxyláza, def. neurotransmiterů) TH cystinóza CTNS mukopolysacharidóza VII GUSB 2xC nebo 1xD 2xC nebo 1xD metabolismus glukózy a glykogenu glykogenóza IV GBE1 GLUT1 deficit SLC2A1 (GLUT1) glykogenóza XI (Fanconi‐Bickel syndrom) GLUT2 2xC nebo 1xD ACTH (adrenokortikotropinová) rezistence deficit glukokortikoidů 2 MRAP deficit glukokortikoidů 1 MC2R 2xC nebo 1xD hyperlipidémie GPIHBP1 lipoproteinová lipáza LPL apolipoprotein A‐V APOA5 2xC nebo 1xD periodická horečka (hyper IgG syndrom) syndrom TRAPS TNFRSF1A syndrom HIDS MVK 5 2xC nebo 1xD Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
Laboratorní příručka
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
LAB–LPSMP
Strana 16 z 17
Verze číslo: 2
syndrom CIAS NLRP3 deficit myoadenylátdeaminázy AMPD1 2xC nebo 1xD diabetes insipidus AVP 2xC nebo 1xD Porfyrie akutní intermitentní porfyrie porfyria variegata hereditární koproporfyrie kongenitální erytropoietická porfyrie erytropoetická protoporfyrie porfyria cutanea tarda neketotická hyperglycinémie Wilsonova choroba (standardně mutace p.H1069Q, p.Q447fs, p.M769fs, p.W779*, p.A1135fs) Rettův syndrom a MECP2‐vázané nemoci atypický Rettův syndrom ‐ varianta s časnými záchvaty a CDKL5‐vázané nemoci atypický Rettův syndrom ‐ kongenitální varianta MECP2 duplikační syndrom X‐vázaná mentální retardace Gilbertův syndrom (standardně pouze varianta UGT1A1*28) Crigler‐Najjarův syndrom Dubin‐Johnsonův syndrom hereditární hemochromatóza (p.C282Y, p.H63D, p.S65C) Menkesova choroba POR deficience, Antley‐Bixlerův syndrom HMBS PPOX CPOX UROS FECH UROD AMT GLDC D D ATP7B MECP2 CDKL5 FOXG1 D MECP2 a oblast Xq28 16 X‐vázaných genů UGT1A1 UGT1A1 MRP2 (ABCC2) HFE ATP7A POR E D 2x2,5 E D D Vysvětlivky k tabulce: 1
maximální doba odezvy 3 týdny 2
maximální doba odezvy po dohodě 3
maximální doba odezvy 8 týdnů 4 gen je vyšetřován na úrovni cDNA – výchozím materiálem je RNA – vzorek nutno zpracovat do 2 hodin po odběru (odběr nutno sladit s provozem laboratoře – telefonická domluva předem) Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Všeobecná fakultní
nemocnice v Praze
U Nemocnice 2,
128 08 Praha 2
5
C D E F R Laboratorní příručka
LAB–LPSMP
Laboratoř pro studium mitochondriálních poruch
Strana 17 z 17
Verze číslo: 2
gen MVK je vyšetřován UDMP VFN v Praze, který vydává i výsledek analýzy. LPSMP zajišťuje pouze izolaci DNA v případě, že je požadováno vyšetření i dalšího z genů pro periodické horečky, UDMP se pak předává alikvot izolované DNA 3ml krve do EDTA 7ml krve do EDTA 2,5ml krve do EDTA 2,5ml krve do PAX zkumavek (info v laboratoři) různé tkáně 5. Vznikající dokumenty a údaje
název
uchovává
Žádanka o molekulárně-genetické vyšetření
Žádanka o biochemické a enzymatické
vyšetření
Informovaný souhlas
doba uchování
6. Související dokumenty
Databáze vyšetření VFN
Standardní ošetřovatelský postup č. 74 – Správná manipulace a transport vzorků (SOP-UOP74)
Standardní ošetřovatelský postup č. 80 - Pokyny pro správný odběr biologického materiálu
(krev, moč) (SOP-UOP-80)
PP-VFN-006 Odběr biologického materiálu pro mikrobiologická vyšetření
Příjem a zpracování biologického materiálu (PP-LPSMP-1).
Návod na zakládání výsledků (kopií výsledků) do kartotéky (N-LPSMP-13)
Dokument zobrazený na intranetu VFN je řízen správcem dokumentace pracoviště
Po vytištění slouží pouze pro informativní účely - nepodléhá pravidlům řízení dokumentace.
Download

Laboratorní příručka - Mitochondriální laboratoř