PH–117
Tütün Genotiplerinde Genetik Varyasyonların
AFLP Markörleri İle Tespit Edilmesi
a
Seda Nemlia, Ali Peksüslüb, M.Bahattin Tanyolaça
Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, Bornova, İzmir
b
Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü, Menemen, İzmir
[email protected]
Amaç: Tütün gen bankasında kayıtlı bulunan toplam 67 tütün genotipinin AFLP markör yöntemini
kullanılarak genetik benzerliklerini saptamak ve genetik akrabalıkları tespit etmektir.
Gereçler ve Yöntemler: Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü’nden temin edilen 67 adet tütün
genotipi kullanılmıştır. Örnekler havan içerisinde sıvı azot yardımıyla ezilerek Doyle&Doyle
(1990) DNA izolasyon protokolü uygulanarak DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. DNA saflığını
belirleyebilmek amacıyla %1’lik agaroz jelde örnekler yürütülmüş ve jel görüntüleme sisteminde
(G-box, SYNGENE) görüntülenmiştir. AFLP Kit protokolü referans alınarak reaksiyona
tabi tutulmuş ve elde edilen amplikonlar, Li-Cor 4300s DNA Analyzer cihazı kullanılarak
ayrımlanmıştır. Çalışmada 25 adet primer kombinasyonu denenmiş aralarından en uygun 11
primer kombinasyonu seçilerek 67 genotip üzerinde uygulanmıştır. Polimorfik DNA bantları “1”
(DNA bantı var) ve “0” (DNA bantı yok) olacak şekilde Microsoft Excel tablosuna yazılmış ve
veri matriksi oluşturulmuştur. Skorlama verileriyle primerlerin PIC (Polymorphism Information
Content) değerleri hesaplanmıştır.Genetik akrabalığı belirleyebilmek amacıyla NTSYS paket
programı kullanılarak gen frekansları ile çeşitler arasındaki genetik uzaklık hesaplanmıştır.
Polimorfik bantlardan oluşan skorlama tablosu, JMP paket programı (SAS Inst., 1995) kullanılarak
cluster (kümeleme) analizi ile dendograma dönüştürülmüştür.
Bulgular: 67 tütün genotipinde 11 primer kombinasyonu ile deneme yapılarak AFLP markör
analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda 11 primer kombinasyonundan toplamda 128 adet
polimorfik bant elde edilmiştir. Primer başına ortalama 11,6 polimorfik bant olarak bulunmuştur. En
yüksek polimorfik bant sayısı 28 bant ile MCAC-EAAG (700), en düşük polimorfik bant sayıları MCTAEAAG(700) , MCTA-EACT(800) ve MCTT-EACA (700) primerleri ile elde edilmiştir. En yüksek genetik
uzaklık ise 0,9 değerindedir. Bu değer Trakya Özbaş’dan elde edilmiş 21 numaralı ve Mardin
37’den elde edilmiş 47 numaralı genotip arasında tespit edilmiştir. En düşük genetik uzaklık değeri
ise 0 olarak bulunmuştur. Bu genotipler 11(Ege 64), 13 (Samsun Canik),14 (İzmir İncekara) ,15
(Basma), 16(Yunan basması), 17 (Düzce Özbaş), 37(Dubek), 38(Bafra,Örencik), 39(İsfahan),
49(Bursa), 50(Bursa), 51(Kızılırmak), 52(Samsun maden), 53(Yayladağ), 54 (Esendal), 55 (K
14), 56(K 15), 57(K 17), 58(K 19) , 59(K 20) , 60(K 21) , 61(K22), 62(K24), 63(K25), 64(K26),
65(K27), 66(K28), 67( K29)
Sonuç ve Tartışma: Birçok tütün genotipi aynı olmasına rağmen gen bankasına farklı isimler altında
kaydedilmiştir. Ayrıca bazı çeşitlerin birbirlerinden seleksiyon ıslahı ile seçildikleri saptanmıştır.
Anahtar Kelimeler: Tütün, AFLP, genetik çeşitlilik
1422
21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye
http://www.ubk2012.ege.edu.tr
Download

PH–117 Tütün Genotiplerinde Genetik Varyasyonların AFLP