Herhangi bir genin promotor (5’, upstream), ekzon veya intron dizileri lazım ise;
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
Bu konuda Ensembl diğer iki veri depolama sunucusundan (NCBI, UCSC) daha iyidir.
Ensembl adresine gidin http://www.ensembl.org/index.html .
İlgilendiğiniz türü bu sayfadan seçmeniz gerekiyor. Örneğin “Human” veya “Cattle”.
Açılan sayfada istediğiniz geni tarama kutucuğuna yazarak taratın.
Çıkan sonuç listesinden ilgilendiğiniz geni tıklayarak açın. (Buraya kadar gelmek için NCBI’da
istediğiniz geni bulup Ensembl linkine tıklayabilirsiniz.)
Gelen “gene summary” sayfasında sol tarafta bulunan “sequence” linkini tıklayın.
Yeni gelen sayfada genin sekans dizilimleri verilmiştir.
Burada kırmızı ile belirtilen kısımlar ekzonlardır. İlk ekzon dizisinden önceki dizi promoter
sekansıdır, aralardaki diziler ise intron dizilerine aittir.
Ekzon, intron veya promoörü ayrı ayrı kopyalayabilirsiniz.
Fakat ön tanımlı olarak promotörün sadece 600 bp’lik bir kısmını sunar.
Sol tarafta bulunan “Configure this page” seçeneğini tıklayın yeni bir pencere açılacaktır. 5’ ve
3’ değerlerini 1500 yapıp açılan pencereyi kapatın ve promotörün geri kalan kısımlarıda
gelecektir.
“Configure this page” diğer bazı ayarları da yaparak sekansların daha kolay okunmasını
sağlayabilirsiniz.
Herhangi bir genin ekzon dizilerinin kromozom içindeki başlangıç nükleotid numaraları lazım ise;
1. NCBI’da istediğiniz geni “gene” bölümünde taratın bulun.
2. Çıkan sonuçlardan aradığınızı tıklayın.
3. Gen bilgilerini gösteren açılan sayfada, sağ üstte Send to>File>Format>Gene Table>Create file
işaretlenir ve txt uzantılı dosyayı kaydederek inceleyebilirsiniz.
4. Gene ait ekzon sayıları, başlangıç ve bitiş numaraları verilmiştir.
Yrd. Doç. Dr. Hüseyin DAŞ
Download

Promotor ve ekzon dizileri