bölgesi bulunduğu görülmüştür. Bu gap (boşluk) bölgelerinden birincisi scaffoldların içerisinde
bulunan gap’ler, diğeri ise scaffold arası gap’lerdir. Bacillus boroniphilus’un genomunun
tamamlanması için bu gap (boşluk) bölgelerindeki sekans dizilerinin belirlenmesi bu çalışmanın
amacını oluşturmaktadır.
Gereç ve Yöntem: Bacillus boroniphilus’un de novo genom sekansı belirleme çalışmaları
kapsamında öncelikle Roche 454 Sekanslama platformu kullanılarak shotgun dizileme deneyleri
yapılmış ve 84,872,624 bazlık okuma elde edilmiştir. Daha sonra genomun 5’ucundan 3’ucuna
doğru olarak sıralanabilmesi için 4 farklı paired end genom kütüphaneleri hazırlanmış ve tam plaka
okuma sonucu 194.092.510 total baz sekanslanmıştır. Birleştirme analizleri sonucunda 3 tanesi
büyük olmak üzere toplam 13 iskelet (scaffold) elde edilmiştir. Scaffold kontiglerinin birleştirme
işlemleri sonucunda elde edilen “build”lerdeki gap bölgelerinin sekans dizilerinin belirlenebilmesi
için uygun primerler dizayn edilerek, PCR reaksiyonları gerçekleştirilmiştir. Kalıp DNA olarak B.
boroniphilus genomik DNA’sı izole edilmiştir. Primerler için birkaç farklı Tm derecesi kullanılarak
en uygun PCR koşullarına ulaşılmıştır.
Bulgular: Dizayn edilen primerlerden bazıları kullanılarak 70 adet PCR reaksiyonu
gerçekleştirilmiştir. Elde edilen PCR ürünlerinin seçilen 30 adeti sekanslanmış ve BlastN ve BlastX
programları ile analiz edilmiştir. Analiz edilen “gap” bölgelerinin neredeyse hepsi “tranpozaz”
olarak tespit edilmiştir.
Sonuç ve Tartışma : Sonuç olarak Newbler Assembler programının algoritmasının, bu tür dizilerin
doğru sıralanmasında yetersiz olduğu tartışılmıştır. Genom bitirme çalışmaları oldukça uzun,
masraflı ve ince çalışmalar olup, yoğun optimizasyon ve tekrarlar gerektirmektedir. Özellikle bu
gap bölgeleri hakkında elde edilen bu tür bilgiler, “yeni nesil genom sekanslama” çalışmalarının
verimliliğini arttırmada kullanılmalıdır.
Anahtar Kelimeler: Bor, Bacillus boroniphilus, Gap (boşluk), transpozaz, yeni nesil genom
sekanslama
Teşekkür: Bu çalışma Bor Araştırma Enstitüsü (BOREN Ç0238) tarafından desteklenmiştir.
PH–037
Rekombinant Lakkaz Üretimi ve Kullanım Alanları
Burcu Çerçia, Ali Koçyiğita, Aslı Özkızılcıka, M. Barış Pazarbaşıb, İsmail Karaboza
Ege Üniversitesi Fen Fak. Biyoloji Bölümü Temel ve End.Mik. A.B.D., Bornova, İzmir,
[email protected]
b
Celal Bayar ÜniversitesiFen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Muradiye, Manisa
a
Lakkaz enzimi bakır içeren bir tür fenoloksidazdır ve çok farklı substratlara etki etmektedirler.
Dolayısıyla gıda, kağıt, tekstil endüstrisi, biyoremediasyon, nanobiyoteknoloji, kozmetik ve ilaç
sanayi gibi pek çok alanda kullanılmaktadır. Bitkiler, funguslar, bakteriler başta olmak üzere pek
çok organizmadan lakkaz enzimi izole edilmiş ve tanımlanmıştır. Fakat doğal kaynaklardan lakkaz
üretimi genellikle düşük miktarlarda ürün eldesiyle sonlanmıştır. Çünkü pek çok organizmanın
büyümesi için gereken koşullar standart endüstriyel fermentasyon prosesine uymamaktadır.
Kolaylıkla kültüre edilebilen ve kullanılabilen konaklarda rekombinant protein ekspresyonu kısa
21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye
http://www.ubk2012.ege.edu.tr
1349
sürede yüksek miktarda ürün eldesini sağlamış ve üretim maliyetlerini düşürmüştür. Rekombinant
protein üretiminin çeşitliliği ve yüksek miktarda üretime uygun olabilmesi endüstriyel
alanda kullanımları için yeni ticari fırsatlar doğurmuştur. Ayrıca, patojenik veya toksin üreten
organizmalardan protein üretimi de daha güvenilir, hatta GRAS olarak kabul edilen mikrobiyal
konaklarda da gerçekleştirilebilmektedir.
Rekombinant lakkaz üretinde en çok bakteriyel, fungal ve bitkisel sistemler kullanılmış ve
çalışmalar bu konaklar üzerinde yoğunlaşmıştır. Bakteriyel konaklarda Escherichia coli en fazla
tercih edilen mikroorganizma iken, fungal konaklarda Pichia pastoris, Saccharomyces cerevisiae,
Aspergillus niger, Trichoderma reesei, bitkilerde ise Zea Mays, Nicotiana tabacum’dur.
Rekombinant lakkazın endüstriyel anlamda kullanımı sadece birkaç örnekle kısıtlanmıştır çünkü
endüstriyel alanda kullanımı için rekombinant enzimin büyük çapta üretiminin sağlanması
gerekmektedir. İlk endüstriyel lakkaz (Denilite®) Novozyme tarafından piyasaya sürülmüştür ve
kot üretiminde kullanılmaktadır. Bu enzim termostabil Myceliophthora thermophila‘nın enzimi
olup Aspergillus oryzae’de ifade edilmiştir (Berka et al., 1997)
Rekombinant lakkazın farklı endüstriyel kollardaki kullanımı ile ilgili çalışmalar devam etmekte
olup henüz laboratuar ölçeğini geçememiştir.
Anahtar kelimeler: Lakkaz enzimi, Rekombinant enzim üretimi, Fenoloksidazlar, Endüstriyel
enzimler
PH–038
Miyokard İnfarktüslü Hastalarda Matriks Metalloproteinaz
Genindeki Polimorfizm İlişkisinin İncelenmesi
Canan Çevika, Alper Karagözb, Mehmet Özaslana, Serdar Türkmenc, İbrahim Halil Kılıça, Filiz
Özbaş Gerçekera, Ceyda Uyara, Işık Didem Karagöza
a
Gaziantep Üniv., Fen-edebiyat Fak., Biyoloji Böl., Moleküler Biyoloji ABD
b
Gaziantep Şehitkamil Devlet Hast., Kardiyoloji Polikliniği
c
Gaziantep Özel Sani Konukoğlu Hast., Kardiyoloji Polikliniği
[email protected]
Amaç: Kalp kası dokusunun beslenmesi ve miyokard infarktüsü (MI) görülme sıklığının
azalmasında anjiogenez önemli bir yer tutmaktadır. Bununla birlikte kalp dokusunda anjiogenez
inhibisyonuyla yeterli koroner damarların oluşamamasından dolayı kalp dokusu beslenememektedir
ve doku ölümleri gerçekleşmektedir. Bu çalışmada anjiogenezi inhibe eden kardiyak hastalıkların
patogenezinde etkili olan matriks metalloproteinazlardan MMP-2 ve MMP-9 genlerindeki tek
nükleotid değişikliklerinin MI ile ilişkilerinin araştırılması amaçlanmıştır.
Gereçler ve Yöntem: Çalışmaya Gaziantep bölgesinde bulunan Şehitkamil Devlet Hastanesi
Kardiyoloji birimi tarafından MI tanısı konmuş 300hasta ve kendisi ve birinci derece yakınlarında
herhangi bir kalp rahatsızlığı bulunmayan 150 sağlıklı birey olmak üzere toplam 450 birey dahil
edilmiştir. Bireylerden toplanan kan örneklerinden DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve hedef
bölgeler PCR ile çoğaltılmıştır. PCR ürünleri öncelikle ürün büyüklüklerine göre %2-3 lük agaroz
jelde yürütülüp doğrulandıktan sonra restriksiyon enzimleri ile kesilmiştir. Kesilen PCR ürünleri
ürün büyüklüklerine göre %2-3 lük agaroz jelde yürütülmüştür. UV ışık altında görüntülenen
bantlardan bu iki gen bölgesinin SNP sıklığı tayin edilmiştir.
1350
21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye
http://www.ubk2012.ege.edu.tr
Download

Rekombinant Lakkaz Üretimi ve Kullanım Alanları