Adnan Menderes Üniversitesi
Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
TBY 118
Muavviz Ayvaz
(Yrd. Doç. Dr.)
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü
Laboratuvar
Tekniği
6. Hafta (20.03.2014)
1
6. Haftanın Ders İçeriği
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
• DNA izolasyonu
• DNA hakkında
2
Organizmaların hücre yapılarında bulunan
hücre zarı, çeperi gibi yapıların bazı kimyasal
maddeler ve enzimler yoluyla yıkılarak DNA’
nın elde edilmesine DNA izolasyonu denir.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
DNA İzolasyonu
3
• DNA yaşayan tüm canlı organizmaların
hücrelerinde bulunur (alyuvar hücreleri hariç).
• DNA’nın hücrelerden ekstraksiyonu işlemi birçok
biyoteknoloji laboratuvarının ilk basamağını
oluşturur.
• Bilim insanları hücreden DNA’yı istedikleri
sağlam yapılı şekilde elde edebilmeleri için
hücrenin geri kalan kısımlarını
uzaklaştırabilmelidirler.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
DNA yiyeceklerimizin içindemi?
4
6. Haftanın Ders İçeriği
DNA hakkında
• Ortalama bir öğünde yaklaşık 55.000.000
(55×106) hücre tüketiriz.
• Buda yaklaşık 150.000 km’lik DNA uzunluğuna
denk gelir.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
• Her bir hücre yaklaşık 2-3 metre DNA içerir.
5
• Her bir kromozom
yaklaşık 5 cm’lik
DNA uzunluğa
sahiptir.
• Her bir insan
yaklaşık 10- 15
trilyon (15×1012)
hücre içerir.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
DNA hakkında
6
• Her bir kromozom yaklaşık 5 cm’lik DNA
uzunluğa sahiptir.
• Her bir insan yaklaşık 10- 15 trilyon (15×1012)
hücre içerir.
• Her bir insanın toplam DNA uzunluğu yaklaşık
(2 ×1013 km kadardır)
• Eğer bir insanın günde sekiz saat, dakikada 60
kelime yazdığı düşünüldüğünde, insan
genomundaki harflerin yazımı 50 Yıl sürede
ancak bitebilir.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
DNA hakkında
7
• İnsanın toplam DNA uzunluğu 20.000.000.000.000
metredir. Bu uzunluk Dünyadan Güneşe 70 kez
gidip gelme mesafesi yada Güneşten Neptün’e 5
kez gidip gelme mesafesi kadardır.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
DNA hakkında
8
DNA İzolasyonu
• DNA’sı izole edilecek olan hücresel materyal
(Çilek, Muz vb.)
• Şampuan yada Bulaşık Deterjanı
• Sofra Tuzu
• Alkol
• Gerekli Ekipman (Filtre kağıdı, kaşık, poşet, tüp,
kürdan..)
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
Gerekli Malzemeler
9
DNA izolasyonu Basamakları
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
Materyalin Ezilmesi
• Çilekleri poşetin içine koyunuz ve elinizle ezmeye
başlayınız.
10
DNA izolasyonu Basamakları
• Fosfolipit suda çözünmez.
• Evde bulaşıklarınızdan yada
elinizden yağları nasıl
uzaklaştırırsınız?
• Sabun yada deterjan?
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
Membran Lipitlerinin
Uzaklaştırılması
• Hücre membranları
fosfolipid yapılıdırlar.
11
Sabun’un Görevi
• Sabun, yağ ve su tabakası
arasından, köpük yapısı ile
misel oluşturarak yağları
uzaklaştırır.
• Elimizi yıkadığımız zaman
sabun yolu ile yağları
uzaklaştırmış oluruz.
• Fosfolipid membranları
uzaklaştırmak için bulaşık
deterjanı en iyi çözümdür.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
DNA izolasyonu Basamakları
12
Sabun’un Görevi
• Deterjanlar membranları
amphipatic (hem hidrofobik
hemde hidrofilik bölgeler)
yapıları (hem hücre
membranlarının hemde
deterjanların) gereği
bozabilirler.
• Deterjan molekülleri
membran tabakasını
ayırabilirler.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
DNA izolasyonu Basamakları
13
Sofra Tuzu
• DNA’nın fosfat’larının su ile
hidrojen bağlarının
bozunması için tuzların
ilavesi.
• Ayrıca sabunlu çözelti
proteinlerin
uzaklaştırılmasına da yarar.
(Araştırma Laboratuvarında Protein
uzaklaştırma için Fenol/Kloroform
yada enzimler)
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
DNA izolasyonu Basamakları
14
• DNA histon olarak adlandırılan proteinlerle
sıkıca sarılmış/paketlenmiş yapıda bulunur.
• DNA’nın ortaya çıkabilmesi için proteinlerin
uzaklaştırılması gereklidir.
• Enzimler de proteinleri uzaklaştırabilirler.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
Proteinleri Uzaklaştırmanın Farklı Bir Yolu
15
DNA izolasyonu Basamakları
• Büyük hücre parçaları katı
kısmın sıvı kısımdan
süzülmesi ile
uzaklaştırılabilir.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
Süzme
• Hücrenin içeriği (organeller,
proteinler vb.) DNA’dan
ayrıştırılmalıdır.
16
Süzme
• DNA’yı görebilmek için kalan
sıvı kısım içinden ekstrakte
edilmelidir.
• DNA suda çözülebilir. Ancak
alkolde çözülmez.
• Alkol ilave etmemiz DNA’nın
sıvı süzüntüden ayrılmasını
sağlayacaktır.
• DNA beyaz çökelti halinde
alkol eklendiği zaman
belirecektir.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
DNA izolasyonu Basamakları
17
DNA izolasyonu Basamakları
• Cam bir çubuk
yoluyla hafif bir
döndürme hareketi
ile DNA’yı çubuk
yüzeyine
tutturabilirsiniz.
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
• DNA yapışkandır ve
diğer yüzeylere
tutunabilir.
18
ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji
Bölümü
Never Stop Thinking !
19
Download

DNA izolasyonuBasamakları - Adnan Menderes Üniversitesi