Výzkumné centrum genomiky a proteomiky
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.
Systém pro sekvenování
Systém pro proteinovou analýzu
Systém pro čipovou analýzu
Automatický sběrač buněk
Systém pro sekvenování a čipovou analýzu
MiSeq
Zařízení pro sekvenování
nové generace umožňující
velkokapacitní sekvenování
nukleových kyselin (DNA,
RNA včetně miRNA)
iScan
Přístroj pro čipovou analýzu
exprese RNA a methylace
DNA na celogenomové úrovni
Cena systému: 10 889 997,- Kč
MiSeq – základní charakteristika
Hlavní aplikace: sekvenování/resekvenování malých
genomů, amplikonů, vybraných genů, transkriptomu,
malých RNA
Princip sekvenování: tvorba klastrů amplifikací
sekvenovaných fragmentů následováno vlastním
sekvenováním na principu syntézy (SBS)
Kontrola sekvenační reakce: pomocí aplikace
BaseSpace, která umožňuje okamžité nahrávání dat,
jejich sdílení a kontrolu systému přes internet
Možnosti MiSeq:
- kapacita: 0,3 – 15 Gb
- čas sekvenování: 5 – 65 hodin
- max. délka čtení: 2 x 300 bp
- max. čtení na „flow cellu“: 25 milionů
MiSeq – princip sekvenování
Příprava knihovny a
tvorba klastrů amplifikací
sekvenovaných fragmentů
Sekvenováním na principu
syntézy (SBS)
Mardis, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., 2008, 9:387–402
iScan – základní charakteristika
Hlavní aplikace: analýza genové exprese, genotypování, stanovení metylace DNA,
cytogenomika
Princip: hybridizace fluorescenčně značeného vzorku se sondami vázanými na čipech
a následná detekce s využitím laserového paprsku
Možnosti a specifikace iScan:
- analýza genové exprese: až 48 804 sond/čip
- genotypování: více než 4.3 mil. markerů/čip
- metylace DNA: více než 485 000 metylovaných míst/čip
- rychlost scanování vzorku: v závislosti na čipu 20 sekund – 26 minut
- rozlišení pixelů: 0.53 μm
- použité lasery: 532 a 658 nm
- obrazový výstup: TIFF, nebo JPG
iScan – princip analýzy genové exprese
1.
Izolace RNA
2.
In Vitro Transkripce (RNA → přepis do cDNA, syntéza
2.vlákna cDNA)
3.
Vlákno cDNA → přepis do cRNA + zabudování NTP
značených biotinem
4.
Navázání streptavidinu-Cy3 a hybridizace značené
cRNA se sondami na čipu
5.
Scanner detekuje signál odpovídající jednotlivým
genům míra intenzity signálu = množství dané mRNA
Vliv znečištěného ovzduší na genovou expresi a metylaci DNA
Systém pro proteinovou analýzu
Bio-Plex 200
- Systém pro měření koncentrací
proteinů a nukleových kyselin
využívající technologie xMAP
Cena systému: 2 400 000,- Kč
Bio-Plex 200 – základní charakteristika
Hlavní aplikace: současná analýza až 100 biomolekul
(proteinů, nukleových kyselin) v jednom vzorku s využitím
96-jamkových mikrotitračních destiček
Princip metody: využívá technologii xMAP –
mikroskopické kuličky barevně označené dvěma
fluorofory, které umožní identifikaci až 100 různých
barevných odstínů. Kuličky jsou pokryty protilátkami proti
analyzovaným antigenům, fluorescenční detekce pomocí
protilátek konjugovaných s biotinem
Výhody:
- vysoká citlivost
- současné měření mnoha antigenů
- minimalizace objemu reagencií
- rychlost
- náhrada metod ELISA a Western blotting
Automatický sběrač buněk
Harvester96
- Zařízení pro sběr buněk
kultivovaných v 96-jamkových
mikrotitračních destičkách
Cena systému: 725 111,- Kč
Harvester96 – základní charakteristika
Hlavní aplikace: umožňuje sběr vzorků – buněk z 96-jamkových
mikrotitračních destiček určených pro provádění funkčních analýz
Aplikace zahrnují:
- stanovení proliferace buněk
- měření cytotoxicity
- analýzy vazby receptorů
- sběr buněk pro další analýzy
- promývání kultur adherentních buněk
Výhody:
- možnost „high-throuput“ analýz v 96-jamkovém formátu
- odběry vzorku zabraňující kontaminaci pracovních ploch
- snadná omyvatelnost, čištění ultrazvukem
- spolehlivost
Příklad spolupráce v rámci Centra
Studium mechanismů
reparace poškozené DNA
Sekvenování a čipová analýza:
Identifikace změn v DNA a
stanovení exprese mRNA
Proteinová analýza:
Identifikace reparačních proteinů
Analýza funkčních vlastností buněk:
Namnožení buněk a provedení funkční
reparační analýzy
Download

Výzkumné centrum genomiky a proteomiky